環保署為提昇全國各縣市政府整治河川之決心並達成河面、河岸無垃圾之目標，預定於九十三年八月至十二月份舉辦「清淨河川考核計畫」。本計畫主要考核項目包含「河面及河岸（河川、湖泊）清潔狀況」、「水環境志工巡守執行狀況」、「本署補助工程後續維護管理情形」、「事業廢水非法排放、不明管線及暗管稽查成果」及「縣（市）政府各局室改善水環境作為」等五項工作。
環保署表示，這個計畫主要針對全國二十五個縣、市政府進行考評，而為了達到考評的公平性，特別依據河川之特性及整治的難易度，分五組進行評比。其分組如下：
第一組：台北縣、彰化縣、嘉義縣、台南縣、高雄縣
第二組：桃園縣、苗栗縣、台中縣、雲林縣、屏東縣
第三組：台北市、新竹市、新竹縣、台南市、高雄市、花蓮縣
第四組：基隆市、南投縣、宜蘭縣、台中市、嘉義市、台東縣
第五組：金門縣、連江縣（馬祖）、澎湖縣
考評方式分為不定期查訪及年終考評兩種。預定八月至十一月期間，由環保團體代表及專家學者所組成之考評委員進行二次不定期查訪評比，每次評比佔總成績之百分之三十（二次考評合計百分之六十）。十二月份再由各縣、市政府提報「九十三年度清淨河川考核報告」，由考評委員進行年終考核評比，評比佔總成績百分之四十。
考核績優之獎勵辦法，第一、二組取前三名，分別可獲得「河川清潔維護建設補助費」一百五十萬元、九十萬元及六十萬元之獎勵外，另可提報三至五名鄉(鎮、市)公所受獎名額，由本署頒發每一鄉（鎮、市）公所新台幣三十萬元清潔維護補助費；第三、四組取前三名，分別可獲得一百萬元、七十五萬元及五十萬元之建設補助費及提報一至三名鄉(鎮、市)公所受獎名額；第五組僅取一名，可獲得五十萬元補助費及提報一名鄉(鎮、市)公所受獎名額。
環保署強調；本計畫最大的特色在於「不定期查訪」，在不通知受評比單位之情況下，由考評委員自行挑選地點進行評分工作，除可避免受評單位以特定地點接受考評之不公平性外，還可擴大河川之清理面。除此之外，考評委員可針對巡守隊及一般民眾進行面對面訪談，了解民眾對於當地政府執行河川整治工作是否能徹底落實。
環保署近期已召集各縣、市環境保護局針對本計畫各項考核分組、評比權重及獎勵方式進行商討外，並邀請環保團體及專家學者針對本計畫提供經驗及看法，希望藉由本計畫能提昇河川整體的清淨度外，同時也可以推動河川環境教育，宣導民眾關心河岸環境及喚起國人重視河川保護工作，最終達到清淨河川之目的。