環保署基於節能減碳政策，並為便民服務，整合空氣污染、水污染、廢棄物及毒化物之各類環保許可申辦作業，建置環保許可單一入口網站—環境保護許可管理系統（Environmental Management System,簡稱EMS系統），提供線上申報及許可，本年度推動環保許可申請電子化作業，新增加電子簽章、電子付費及電子許可證之服務功能，今年底完成規劃作業，明年正式上線。
環保署於95年開始規劃推動許可制度整合作業，現已完成許可表單全e化，並以EMS系統為環保許可申請之單一入口，整合空氣污染、水污染、廢棄物及毒化物四個子系統，使用者可於本系統提出如固定污染源操作許可、事業廢棄物清理計畫書等共計14項許可、登記備查之申請與變更/異動之作業。目前EMS系統中受空、水、廢、毒所列管之事業共計42,180家，平均每月約有40,000人次登入本系統維護申請許可之資料，統計95-99年度空、水、廢、毒許可文件，平均每年約有19,000件之許可申請/變更/異動之作業。
現行各類環境保護許可之申請方式，係為至系統填寫申請資料並套印成申請表單後，將申請資料以公文掛文方式，寄送至各地方環保機關進行審查作業，並以臨櫃或郵局匯票方式繳納審查費用；而環保機關於審查完成時，再以公文掛文方式寄發許可證給予事業單位。於推行許可申請電子化作業後，事業單位僅需利用網路提出申請作業及繳納審查費用，而環保機關亦可利用網路進行審查作業，再行核發電子許可證給予事業單位。
EMS系統推動之電子化作業流程，可分為四大項目，分別為電子憑證、電子簽章、電子付費及電子許可證。於事業單位可利用電子憑證登入系統，填寫完成申請表單後以電子簽章進行簽核，再以電子付費進行繳費作業；而環保機關可用電子憑證登入審查系統，於許可審查完成後，以電子簽章簽核，最後核發電子許可證給予事業單位，達成e化全線上申請許可之流程。
本署冀望藉由環保許可申請電子化作業之實施，提升政府之行政效率，且達到減少不必要之紙張浪費，最重要可以「網路取代馬路」，在家即可申辦各項環保許可，減少事業單位舟車勞頓之辛苦。
附件下載：「節能減碳又便民-環保署推動環保許可電子化作業」簡報