為杜絕河川水質遭受養豬廢水污染，環保署聯合雲林縣環保局針對雲林縣的養豬畜牧行業展開稽查行動，統計去（96）年1至12月底執行結果，共有12家業者遭告發，迄今處分金額已達111萬元整，稽查將持續進行。
環保署表示，雲林縣為一農業縣，其特色為養豬畜牧業較多，而部分養豬業者心存僥倖，將未經妥善處理的豬糞及廢水直接排入地面水體，為改善雲林地區河川水質，環保署除每月不定期於雲林排水渠道各承受水體監測河川水質，據以作為執行稽查業者頻率參考依據外，自96年1月起至96年12月止計稽查240家養豬業者，查獲12家違反水污染防治法等環保法令；另查雲林縣畜牧業迄今仍有4.16%事業單位尚未取得廢(污)水排放許可文件。
環保署籲請業者需恪守法令，除應設置廢水處理設備並儘速向當地環保局申請排放許可文件外，已領有排放許可證業者，更應妥善操作廢污水設施，千萬不要心存僥倖。自97年度開始環保署與雲林縣環保局聯手再鎖定馬公厝大排沿岸畜牧業進行全面稽查取締污染。
環保署同時也呼籲民眾，如發現違法情事，請勇於檢舉，立即向該署提供線索，並可隨時利用環保署免費公害陳情專線：0800- 066666通報，以便及時派員取締，以遏阻污染發生。