最高行政法院撤銷中科三期七星農場環評審查結論後，目前審查結論已失效，其他機關因環評通過而後續核發之許可也面臨應否撤銷的問題，惟原開發許可處分僅屬違法之處分，並非自始確定無效之處分，從而此時並不構成環評法第14條第1項所稱「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」之情形，自亦無該法第22條所定開發單位違反第14條之處罰問題。本案中科三期原已完成環評審查程序，故未適用上開2條條文規範。雖不適用環境影響評估法，但行政程序法已有目的事業主管得撤銷或不撤銷原許可之相關規定。
至於目的事業主管機關是否撤銷許可？應由目的事業主管機關依其職權裁量，並考量公益（國家整體經濟發展、國民健康影響）及信賴保護原則（廠商合法申請權益），依行政程序法規定辦理。撤銷之時限，依行政程序法第121條規定：「第117條之撤銷權，應自原處分機關或其上級機關知有撤銷原因時起二年內為之。」另依行政程序法第118條規定，為維護公益或為避免受益人財產上之損失，為撤銷之機關得另定失其效力之日期。由於此案之許可係國科會為之，因此相關考量何時及如何決定撤銷許可，由國科會詳為說明。