最高行政法院於今日（4月28日）裁定將台北高等行政法院100年度停字第9號裁定廢棄發回，環保署表示上述台北高等行政法院裁定係要求環保署99年9月2日重新作成的審查結論，於詹德健等人所提起之行政訴訟判決確定前，停止執行，行政院國家科學委員會依上開審查結論所核發中科管理局之開發許可，停止執行，環保署不服遂於3月8日向最高行政法院提起抗告，今日經最高行政法院廢棄後，環保署99年重新作成的審查結論將不必停止執行，仍屬有效，因此環保署得據此依環境影響評估法規定監督開發單位依審查結論切實執行，以達到環境保護的目的。
環保署並說明台北高等行政法院原裁定中，針對詹德健等人聲請國科會及中科管理局所核發友達公司及旭能公司之各項許可一併命停止執行部分，前已駁回，因詹德健等人未提起抗告，故對友達公司及旭能公司的各項許可無需停止執行，業經確定在案。
環保署說明該署向最高行政法院提起抗告的主要理由，係因原裁定誤以開發單位未提出健康風險評估等情之事實下，認定本案應重新作成進入第二階段環評之審查結論，且根據最高行政法院歷來之裁判先例，向認此類案件並不符停止執行之要件。蓋相關環評審查之爭議，有待本案訴訟之實體審理，如未經實體審理遽為認定，即屬率斷（最高行政法院99年裁字第2034號裁定）；另於先前中科三期停止執行案中，最高行政法院98年裁聲字第146號裁定更已明確宣示在環評有條件通過審查下，不能逕稱開工將會嚴重造成全體國民健康及安全之重大不利影響，至於是否進入二階審查，仍應視環評委員會審查認定相關減緩措施已否明確降低並減輕環境影響而定。