「焚化為主，掩埋為輔」為臺灣近20年垃圾處理的主軸，現有營運中24座大型垃圾焚化廠，在每年辦理查核評鑑工作，完成操作廠商自主管理、環保局監督管理及環保署評鑑管理之三級品管制度，不僅達成垃圾處理任務，並朝向污染減量、節能減碳及環境綠美化等方向努力，卓然有成，業已建立我國環保設施新形象。
環保署表示，由於人口增加、環保意識高漲等因素，民眾對於垃圾處理設施的周遭環境要求，亦隨之提高，該署於80年開始推動垃圾焚化廠興建工程，初期由於民眾的不了解及排斥，致時有民眾圍廠抗爭的情事發生，但是藉由溝通及引進民眾參與監督機制，於焚化廠陸續完工後，已無垃圾堆置街頭的情形發生，可作為國際間先進國家所借鏡。為確保各廠維持優良績效，自90年起，開始辦理查核評鑑工作，除敦促地方環保局確實監督，並鼓勵各廠強化設備自主改善與系統功能提昇，使各大型垃圾焚化廠均逐年加強廠區環境綠美化，朝社區公園化為目標，綠美化項目計有煙囪與廠房外觀彩繪、增植花草樹木、闢建生態池、擴大綠地範圍等，均強調應與週邊環境融合。
環保署強調，近年來，該署為督導各焚化廠的操作情形並提昇各廠的營運效能，在污染防制工作方面，經由設備改善維護及良好操作技術下，如戴奧辛排放改善部分，平均排放濃度由最高0.052ngI-TEQ/Nm3，99年減少至0.026 ngI-TEQ/Nm3（法規值0.1ngI-TEQ/Nm3）、CO平均由8.92ppm，99年減少至8.27ppm（法規值120 ppm）、停爐次數由351次，99年減少至277次、不透光率平均由3.09％，99年減少至2.43％（法規值10％），顯現該署歷年辦理查核評鑑，以及各地方環保局、焚化廠操作單位與監督單位的共同努力下，各廠的操作技術已經相當成熟且營運績效卓著。99年度垃圾焚化廠的營運效能，無論是焚化處理品質、焚化發電效能、污染防治或設備維護情形，不但沒有隨著廠齡增加而降低，更重要的是，針對目前國內外最為重視的「節能減碳」議題部分，垃圾焚化廠總發電量由28.5億度，提高至99年度總發電量為30.26億度，顯示出垃圾焚化廠不但有效解決國內廢棄物處理問題，更是對於天然資源不足、極度仰賴國外能源輸入的我國，提供另一項安全、穩定、可靠的替代能源。
環保署說明，透過焚化廠自主管理、環保局監督管理、環保署不定期查核與稽查、審查各廠年度營運成果報告書以及各縣市互評等方式執行焚化廠查核評鑑，99年度營運管理績效優良，評定宜蘭縣利澤廠及新北市新店廠為特優，新北市樹林廠、嘉義市廠、桃園縣廠、基隆市廠、臺南市永康廠、臺北市木柵廠等6廠為優等；至於新北市八里廠因主動積極致力進行各項自主改善工作，以提升營運效能，特別頒發「自主改善獎」；另外，頒發「節能減碳獎」給嘉義縣鹿草廠，則是肯定該廠節能減碳成效予以嘉勉。將擇期舉辦頒獎典禮，做為其他縣市的楷模。
環保署強調，現在垃圾焚化廠已不再只是傳統處理垃圾，還兼具發電、地區環境教育中心及環保公園等功能，未來環保署將持續辦理查核評鑑工作，使垃圾焚化廠能更潔淨、更具效能及節能減碳，以維護我國優質、安全的環境。