為呼應歐洲綠色新政「農田到餐桌（Farm to Fork）」，減少化學農藥、化學肥料與抗生素使用，環保署籲請農民以綠色防治技術減少化學肥料及農藥使用，除可節省支出，又可增加產量及收益，同時可降低水體污染，提升水庫水質。
環保署表示，肥料或農藥過量使用是水體的農業非點源污染之一。根據研究，施用的肥料僅有20-50％被作物吸收，過量之化學肥料及農藥，將使地力劣化，同時因暴雨沖刷將肥料攜帶進入水體，使得水中藻類大量繁殖，影響水中生物的平衡。尤其營養鹽氮及磷的污染，造成水庫及水源的優養化；殺蟲劑、殺草劑等物質，對水生物造成急性或慢性之毒性。
環保署說明農業非點源污染控制措施，主要係採行源頭控制及結構性BMP設施為主，其中結構性BMP設施如設置人工溼地、草溝、草帶、多層複合濾料淨化系統(MSL)等，雖可截流初期暴雨，減緩肥料及農藥進入水體，但仍應從源頭控制措施著手，減少肥料及農藥之使用，始能有效降低污染。源頭控制主要應採取合理化施肥，但農民擔心增加農作物的減產風險，往往沒有意願施行；故以創新之綠色防治技術，使農民願意減少使用化肥及農藥，除可減少購買肥料及農藥之負擔，增加作物之收穫外，亦可減少水體之污染，共創三贏之局面。
生物菌劑環境友善度高，能提高化肥、有機質肥料之利用率，及提高土壤的肥力，從而降低對化學肥料的依賴。行政院農業委員會於100年6月3日公告「已被鑑定為安全之微生物肥料菌種」，肥料業者可據以辦理微生物肥料登記證，目前有18家業者取得微生物肥料登記證共57個品牌。且106年起納入微生物肥料補助，每公頃最高補助新臺幣5千元。另該會致力友善環境農業資材推廣計畫，委託相關單位輔導推廣農業微生物（如光合菌等）。
國內已有生物菌劑應用於有機農業中案例，例如貞心有機 農場的四季檸檬、彩虹玉生態農場的火龍果、潛水教練的芭樂園及傳奇教育休閒農場的蓮霧等案例，施用生物菌劑伴部分肥料後，不僅減少32%至88%肥料使用量，也節省29%至88%之肥料及農藥支出費用，且作物品質更佳，產量也大幅增加20%至67%，總體收益亦增加很多。綜合以上生物菌劑施用經驗，以國內化學肥料年使用量約100萬公噸計算，如推廣普及率達30%，保守估計全國每年將可減少肥料使用量約10萬公噸至26萬公噸，相當於減少使用250萬至650萬包台肥5號，也節省9億5千萬至24億7千萬之肥料支出費用，對於水體及水庫水質保護有不少助益。以石門水庫為例，如推廣普及率能達80%，就有機會從現在水質優養程度之普養轉為貧養。
環保署為呼應歐洲綠色新政「農田到餐桌（Farm to Fork）」，減少化學農藥、化肥與抗生素使用，將持續研析綠色防治技術，並結合相關單位共同鼓勵農民減少農業化肥使用，降低農業非點源污染，邁向綠色健康農業。環保署再次呼籲農民，只要作物減肥多一點，收穫就可多一點，水體污染就會少一點，大家攜手邁向綠色健康農業。