環保署為強力稽查取締頭前溪流域污染，自96年起聯合新竹縣環保局啟用水質自動監測儀，對該流域之土石加工業者16家強力稽查。計告發處分8家，其中2家情節嚴重並不遵行主管機關停工命令，已先後予函送司法機關偵辦。
頭前溪是新竹地區的主要河流，也是主要的飲用水水源，流經新竹縣尖石鄉、五峰鄉、橫山鄉、竹東鎮、芎林鄉、竹北市等6鄉鎮及新竹市，其間設有上坪攔河堰、燥樹排攔河堰及隆恩堰攔河堰，抽送溪水至寶山水庫、寶二水庫及自來水公司淨水場，作為新竹科學園區及新竹縣、市工業及民生用水水源。
環保署表示，有鑑於自來水公司原水水質監測時，時有懸浮固體濃度偏高情事，進而影響飲用水水質。該署懷疑有土石加工業者排放不合格廢水，因此自96年起聯合新竹縣環保局針對該流域之土石加工業者強力稽查。為防杜業者規避查核，環保人員不僅經常利用夜間或假日時段出擊，還應用水質自動監測儀器，監控可能偷排廢水之業者，一旦查獲違反水污染案件者，除重罰外，情節重大者，將予停工處分。自96年執行迄今，計查獲有繞流偷排廢水及排放不合格廢水等8案件，其中竹北市及竹東鎮各有1家因情節嚴重而處以停工，俟後該2家砂石場由環保署持續會同新竹縣環保局稽查，仍發現有不定時營運及排放廢水情形。為有效解決污染問題，該2家砂石場已先後由新竹縣環保局依不遵行主管機關停工命令，而移請新竹地檢署偵辦。
經本署及新竹縣環保局積極查處後，目前頭前溪流域之土石業者已有3家增設廢水污泥脫水設備，以改善放流水水質，另有2家已停工並拆遷。據自來水公司淨水場監測資料，懸浮固體濃度已大幅下降，水質已獲改善。
環保署強調，未來頭前溪流域污染源之稽查，仍會聯合新竹縣環保局持續進行，也呼籲事業單位能確實加強各項污染防治設施，妥善操作維護，並作好各項污染防治（制）工作，以避免造成環境污染，並維護水資源。