環保署為務實廢棄物輸入輸出管理，提昇相關申請審查作業效能，於97年9月5日修正發布「廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法」，並詳載於環保署網站（http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx），民眾可以自行至該網站查閱。
環保署表示，為務實廢棄物輸入輸出管理，提昇相關申請審查作業效能，釐清部分爭議，經全盤檢討後，修正發布「廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法」，計三十九條，部分修正重點說明如下：
一、增列並釐清保稅倉庫、保稅工廠、物流中心、農業科技園區事業、自由港區事業與國內課稅區、保稅區間之廢棄物運輸，非屬輸入、輸出行為。
二、因應有害事業廢棄物認定標準於九十六年七月四日修正發布後，原屬有害事業廢棄物之混合五金廢料，大部分均已排除有害之認定，考量過去實際輸入/輸出及曾遭查獲違法輸入/輸出之廢棄物多屬混合五金廢料，並考量有害廢棄物與一般事業廢棄物之於人體健康與環境危害不同，故分別規範有害廢棄物及一般事業廢棄物之違法次數。
三、主管機關不得核發輸入/輸出許可文件之條件部分，增列「二年內輸入/輸出許可文件曾遭撤銷」及「曾轉借輸入/輸出許可文件與他人使用」，刪除「曾遭主管機關廢止原核發之輸入/輸出許可文件或查獲以虛偽文件申請輸出/輸入許可者」及「遭停工、停業之處分者」。
四、增列「五年內之申請者派員親赴接受國處理廠(場)實地勘查處理能力與營運情形之報告書，並切結保證報告內容屬實」，確保輸出廢棄物於境外妥善處理。
五、考量撤銷與廢止之要件不同，故將現行條文第二十八條第二款另行規定，並界定虛偽文件之範疇。
六、新增報關時對已核發許可者有廢棄物管理疑義時，由原核發許可之地方主管機關認定。
七、修正與我國簽有雙邊、多邊或區域協定國家之廢棄物輸入輸出，應優先依據協定辦理。
八、規範輸入、輸出廢棄物樣品供相關清理技術研究、研發者，得專案申請許可，主管機關得考量第四條、第五條、第十一條及第十二條之規定，依據管理需求，要求申請者提出必要之申請書件。
九、考量輸出許可應檢附之申請文件較現行規定嚴格，為避免執行困擾，增訂緩衝期間。