環保署為提升屬於鄰避設施之環保設施品質，成為民眾樂於接受的好鄰居，於91年起成立該署「工程施工查核小組」，由副署長任召集人，積極輔導及查核自辦暨協助各縣市辦理之環保設施工程：包括焚化廠、垃圾衛生掩埋場、水體水質改善處理、巨大廢棄物及廚餘回收再利用設施、環保科技園區工程及推動都市綠化工程等。
環保署工程施工查核小組成立以來，已執行260場次以上的工程品質查核，對於環保設施工程品質的提升有相當大的助益，該小組秉持「標準化、專業化、系統化」執行策略，嚴格執行工程查核任務，並於本(96)年8月間成為全國第一個通過ISO9001國際品質認證的施工查核小組，可見環保署對於環保設施工程品質之重視與要求。惟本年至10月底止，該署統計分析已查核之45件工程品質，其中甲等（80-90分）占17.8﹪、乙等（70-80分）占77.8﹪、丙等（低於70分）占4.4﹪，與去（95）年甲等28.4﹪、乙等67.9﹪及丙等3.7﹪相較，查核成績呈現下滑現象，環保署表示可能原因除了係工程品質查核更趨嚴格之外，各工程執行機關在工程品質督導上尚未能落實亦為主要原因。
環保署呼籲工程主辦機關、監造單位及承包商，應依規定建立三級工程品質管理制度，落實品質督導及品管自主檢查等措施，該署亦將持續加強工程輔導、督導及查核，中央與地方共同合作提升施工品質，以提供民眾更優質的環保設施。