7月18日於高雄縣彌陀鄉海域擱淺之永昌輪砂石船油污外洩，該輪之油污清除工作已於7月28日完成，後續船體及船貨移除工作由交通部高雄港務局依「重大海洋油污染緊急應變計畫」及「商港法」等相關規定接續辦理。
環保署表示，為防範油品外洩造成污染之虞，環保署及高雄縣環保局，於船上人員救助告一段落後，於7月19日成立臨時指揮所，並於20日上午10時成立緊急應變小組，於彌陀鄉彌陀區漁會成立前進指揮所（自7月26日後改為在彌陀安檢站），並陸續將相關之海洋污染緊急應變器材包括攔油索、吸油棉等集中至前進指揮所，以利應變。
環保署進一步表示，該輪為6038噸之砂石船，7月18日於距彌陀鄉海岸約300公尺處，靠近彌陀鄉南寮漁港出口南面擱淺。該輪裝載砂石7009噸，船上油料原載有燃料油129.85噸、高級柴油8噸，普通柴油33.4噸及潤滑油8000公升(含桶裝油10桶)，海棠颱風期間經途中消耗，經汲油器抽出油量燃料油計19噸、柴油4噸、潤滑油3.2噸、油污水16噸，總計抽除45.2噸，其它殘油則由吸油棉等吸除。
環保署本（29）日下午在彌陀安檢站召開工作連繫協調會議，包含農委會漁業署、海巡署、交通部高雄港務局、船東互保協會(P&I)、船東及高雄縣府相關單位與會，會中船東提出油污清除完工，船上油艙及機艙已由海事公司派遺人員逐一檢查，殘油已抽除。預計30日視天候狀況由公證公司上船勘驗，提出除油完成證明。油污清除完成後之後續船體及船貨移除計畫，由交通部高雄港務局接續辦理。船東並已依「重大海洋油污染緊急應變計畫」及「商港法」等相關規定向交通部高雄港務局提出移除計畫。
環保署補充說明，由於該輪擱淺海域鄰近養殖區，已要求交通部高雄港務局應審慎要求船東辦理船體及船貨移除工作，期間並應確實防範，以免污染水域。
環保署表示，在永昌輪擱淺後，為防範該輪之油污外洩造成污染，該永昌輪油污染緊急應變前進指揮所現場相關機關包括海巡署海岸巡防總局南部地區巡防局岸巡五二大隊、海洋巡防總局第四海巡隊、農委會漁業署、交通部高雄港務局、高雄縣政府環保局等積極應變協處，環保署深表謝忱。