環保署檢驗所於今年二月份針對國內37座水庫，進行微囊藻毒之檢測，所有水庫水樣均無檢出微囊藻毒。
環保署檢驗所以快速且靈敏之酵素免疫分析法，針對台北縣翡翠，基隆市新山、西勢，苗栗縣鯉魚潭、大埔、永和山、明德，南投縣日月潭、頭社、霧社，金門縣太湖、陽明湖、擎天、瓊林、金沙、榮湖、山西、田埔、蓮湖、西湖、菱湖，連江縣勝利、珠螺、秋桂山、儲水沃下壩、儲水沃上壩、律沙、律沙一號、鐵堡、中興、午沙、反里、東湧、紫沃、福正、樂道沃、菜浦沃等水庫作藻毒檢測，檢測結果均小於偵測極限（0.1ppb），並未檢出有任何一水樣含有微囊藻毒。
外界擔心夏季末微囊藻死亡會釋出藻毒素，危害飲用水之安全衛生，環保署特別提出說明，因為釋出之藻毒素會被水中之微生物分解，此即為今年二月份該所針對水庫進行調查時，雖出現微囊藻而無藻毒之原因。