近來備受關注之「吉貝休閒渡假旅館暨遊憩區促進民間投資開發計畫」，環保署已於93年11月18日完成環境影響評估審查，各界關心對珊瑚礁生態可能產生影響，環保署表示，歷次專案小組初審會議及該署環境影響評估審查委員會，已就本計畫環境敏感性充分討論、審查，並作成「應不得引進機械動力之沙灘、水上旅遊設施及浮潛活動」、「應實施遊客人數總量管制（最高承載4010人/日），並訂定管理作法，據以執行。」、「廢（污）水經處理後應全部回收再利用。」、「應訂定詳細之管理計畫，據以執行」…等審查結論。
環保署指出，環境影響評估法第16條第1項規定，已通過之環境影響說明書或評估書，非經主管機關及目的事業主管機關核准，不得變更原申請內容，本開發行為已完成環境影響評估審查，未來如由得標廠商開發，應依環境影響評估法相關規定辦理變更。
關於立法院公聽會質疑吉貝開發案環評內容有誤部分，環保署表示，環境影響說明書內以經緯度標示海洋生態調查測站，為常見之標示方式，並非以報載所稱之衛星定位座標標示測站。但環保署強調，環境影響評估工作包括第一階段、第二階段環境影響評估及審查、追蹤考核等程序，因此，開發行為進行中及完成後使用時，應由目的事業主管機關追蹤，並由主管機關監督環境影響說明書、評估書及審查結論之執行情形，環保署將依權責加強本計畫監督工作，必要時，該署將請開發單位依環評法第18條規定提出環境影響調查報告書送本署審查。