納坦颱風帶來豐沛雨量，已造成台北縣瑞芳、貢寮、雙溪及基隆市等地區淹水，環保署張署長祖恩已指示該署災害防救緊急應變小組緊急聯絡縣市環保局傾全力協助淹水地區做好環境清理及消毒，儘速完成環境復原工作。
目前該署已與東部及北部縣市〈台東、花蓮、宜蘭、基隆、新竹、桃園及台北等縣市〉聯繫，各縣市環保局回報尚無嚴重環保公共設施及環境事件之災情。該署已請淹水地區縣市環保局於淹水退後立即進行環境復原工作。
環保署也要求各縣市環保局應與鄉鎮市公所密切聯繫，備妥廢棄物臨時堆置場所，並掌握垃圾衛生掩埋場狀況，使災後廢棄物清理工作得以順利執行。
有關飲用水安全方面，環保署表示，為了確保飲用水安全，該署已督促地方環保局加強飲用水水質的抽驗工作，累計至目前為止，各地方環保局及各自來水事業單位計抽驗27件，均合格，民眾可安心飲用。
環保署提醒民眾，本次颱風期間水源水質濁度恐會較高，自來水加氯量相對增加，將使得水中消毒水味較平時重，民眾可將自來水放置一段時間（約半天）再煮沸飲用（用戶宜煮沸後掀蓋多煮三至五分鐘），就可減低消毒水味。颱風過後，蓄水池如淹水應確實清洗消毒後再行蓄水，以確保飲用安全。