由於第二期稻作已陸續收割，為避免稻草燃燒造成空氣品質不良，環保署及地方環保局特別推動管制專案計畫，加強執行稽查，經查獲燃燒稻草造成空氣污染者，將處以五千元至十萬元罰鍰。該署呼籲農民不要燃燒稻草，以免受罰。
環保署鑑於每年9月至12月為二期稻作收穫期，農民常以露天燃燒方式處理稻草，在氣象條件不利擴散情況下，容易造成空氣品質嚴重惡化，於本(93)年訂定「九十三年第二期稻作收穫期間稻草露天燃燒稽查管制計畫」，推動西部15個稻作面積較大的縣市環保局，於第二期稻作收穫期間，對稻草燃燒行為加強執行稽巡查作業，重點區域包括高速公路兩旁、學校及醫院附近農地，經查獲有稻草燃燒污染空氣事實者，即依法予以告發處分。另地方環保局亦透過各種傳播媒體，對法令管制規定持續積極宣導，期使農民瞭解環保機關取締稻草露天燃燒行為的立場。
環保署指出，稻草曬乾腐化後其實是土壤很好的肥料來源，如果燒掉相當可惜，建議農民於稻作收穫時採用附掛切割機的聯合收穫機，將稻草斬切後均勻撒佈於田面，經曝曬乾燥後，再翻犁入土中二週以上，可增加土壤的肥力，對下期農作有增產效果，並減少化學肥料的使用，一舉數得。
環保署強調，稻草燃燒產生的濃煙不只污染空氣，同時易造成視線不良，影響交通安全，且對患有呼吸道疾病民眾、老人及小孩等抵抗力較弱者，造成健康的危害，因此特別呼籲農民不要露天燃燒稻草，以免污染空氣而遭受罰款，損人不利己。