環保署為提高受補貼機構申辦效率，強化對受補貼機構之管理，已於102年6月24日修正發布「應回收廢棄物回收清除處理補貼申請審核管理辦法」（網址：http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）。
環保署表示，為提升受補貼機構申辦及審查作業效率，該署已建置電子化資料庫，未來受補貼機構可以網路方式辦理申請案。此外，為簡政便民，刪除了多項應辦理變更事項。並對忘記辦理基本資料變更者，給予1次限期補正之機會，而不是立即停止補貼。
在受補貼機構管理方面，將違反環保法令遭處分，及涉違法領取補貼費經檢察機關起訴者，增列為停止補貼之情形。若受補貼機構被認定為土壤及地下水污染行為人，除受到撤銷或廢止受補貼機構的處分，且於6個月內不得重新申請，以保障國人生活安全。對於因不當或違法領取補貼費而被廢止受補貼機構者，該機構及負責人5年內不得申請受補貼機構。
環署提醒受補貼機構，若原先未以網路傳輸方式申請者，必須於本辦法修正公布後3個月內，將核定文件上傳於資源回收管理系統，以免影響自身權益。