為減輕工廠及養豬廢水對河川水質之影響，環保署於本(98)年度持續鎖定北港溪、新虎尾溪及濁水溪流域沿岸畜牧業及其他事業單位進行全面稽查。統計98年1至3月底，共有9家業者遭環保單位告發。
環保署表示，雲林縣為一農業縣，其特色為養豬畜牧業較多，工廠次之，為改善及維護河川水質且防止部分業者將未經妥善處理之工廠廢水、養豬廢水及豬糞直接排入地面水體，乃持續推動稽查管制計畫，鎖定污染源不定期加強稽查取締工作。該署自98年1月起至98年3月止共稽查77家，查獲9家違反環保法令，違法比例高達11.69%，其中又以偷排廢水最多，佔違法案件比例達44%；其次為養豬業者未領有廢水貯留許可證或排放於土壤許可證，逕將廢水貯留於貯留池或排放於土壤。該署籲請業者需遵守法令，千萬不要心存僥倖，環保署將持續與雲林縣環保局聯手進行全面稽查取締污染。
環保署同時也呼籲民眾，如發現違法情事，請勇於檢舉，立即向該署提供線索，並可隨時利用環保署免付費公害陳情專線：0800- 066666通報，以便即時派員取締，有效遏阻污染。