為確保產業溫室氣體排放量及減量額度品質，環保署已於去（98）年11月發布「行政院環境保護署管理溫室氣體查驗機構作業原則」（以下簡稱作業原則），為因應中央目的事業主管機關補助案件需求，及溫室氣體管理作業電子化等事項，該署乃於99年12月30日修正發布該作業原則部分條文，以強化並落實我國溫室氣體查驗機構管理制度。
環保署表示，本次作業原則修正內容主要係因應中央目的事業主管機關補助案件之查驗作業需求，故增列查驗機構可採個案之彈性方式申請認可，以加速我國溫室氣體自願減量作業之推動，惟其認可資格僅限於該個案，查驗機構後續仍需依一般程序申請，始得執行同類型之查驗業務；而其他修正重點則包括：因應國家溫室氣體登錄平台查驗管理子系統啟用，增列查驗機構應於國家溫室氣體登錄平台上傳及確認查驗作業資訊、增列業者異動申請及明定相關申請文件等規定，以加強我國溫室氣體認查驗管理機制。
環保署表示，本管理原則修正發布後，可完備我國溫室氣體認查驗管理制度，及提升溫室氣體查驗作業效率，另透過系統E化管理功能，則可提供政府未來政策分析及管理規劃或執行作業之需求。本作業原則修正內容已詳載於環保署網頁（http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）供查詢。