國人引領期盼的高速鐵路，將於明（九十四）年十月底正式通車營運，台灣高速鐵路的興建是我國近年來最大工程建設之一，而且也是目前世界上最大的一宗BOT案，因此受到相當多的矚目。為因應高鐵明年即將通車之目標，環保署於今（九十三）年九月十三日召開之高鐵環評檢討會議時，要求高鐵公司應仔細審視環評報告書內容及環評審查結論於營運期間應辦理之事項及承諾，並積極辦理應辦事項。環保署表示，期望高鐵除能如期完成高品質的交通建設外，並能成為兼顧環境保護的最佳典範。
環保署為督促台灣高鐵公司，在工程品質上以及環境保護執行上能以高標準來辦理，對於環境影響評估，特別敦請環境影響評估委員、學者專家及邀請相關機關代表組成監督專案小組，共同進行環評監督作業，除了希望了解高速鐵路環保相關措施及環評承諾執行情形外，亦在執行環境保護上提供高鐵公司具體建議，讓各項環保措施充分落實在興建及營運的過程當中。環保署於九十一年先針對高鐵土建標共七個標段進行環評專案監督，九十二年則針對六個車站標，九十三年則以工電基地及軌道鋪設等四個標段做為辦理環評專案監督之重點，並於每次專案監督完成後，召開檢討會議，請高鐵公司依據專案小組提出之意見一一說明並回復辦理情形，監督小組所提出的具體意見讓高鐵工程單位更有效率執行環境影響評估相關對策，藉此希望工程施工對環境的衝擊減輕到最低。
環保署表示，高速鐵路工程於八十九年開始施作土建標工程時，工程土方量總計開挖超過六百萬立方公尺，扣除回填三百萬立方公尺，仍有大量剩餘土石方需處理，因此妥善處理土石方成為高鐵公司的重點工作之一，惟因各標段係由不同承包單位施工，偶有因土石方處理及環境監測等發生違反環境影響評估法的情事，雖遭處分四次，罰鍰一百五十萬元，高鐵公司亦能積極配合改善完成。
高鐵公司除依據環評承諾積極趕工外，對於生態保育及文化遺址保護亦投入心力，例如於台南官田附近，針對台灣保育鳥類水雉編列新臺幣三千五百五十三萬元進行復育工作，施工期間除未影響水雉生存外，並成功營造復育棲地。另因高鐵南科段（高鐵里程約TK293＋450-TK293＋560）發現有灰黑陶文化遺留現象，高鐵局及高鐵公司均於施工期間進行文化遺址搶救計畫，高鐵公司在此亦投入相關經費約新臺幣三千六百餘萬元。