鹽水溪全長41.3公里，流域橫跨台南縣左鎮鄉、新化鎮、新市鄉、永康市及台南市安南區，是臺灣污染嚴重河川之一。本流域河川水質除最上游同心橋測站為未或輕度污染外，其餘測站資料顯示大都為嚴重污染狀況，其主要污染來源來自生活污水、工業廢水、畜牧廢水。而其下游及其支流－嘉南大圳，更飽受來自電鍍及金屬表面處理業所產出含高量重金屬廢水污染。
環保署環境督察總隊南區環境督察大隊表示，為有效改善鹽水溪流域污染，環保署自91年起已補助台南縣、市政府共計1億865萬元，完成安順排水改善設施，並針對該流域分別訂定鹽水溪、嘉南大圳、柴頭港溪等專案稽查計畫，自95年起至今年5月嘉南大圳（台南市）流域已稽查707廠次，違反環保法規告發98件，勒令停工6廠，移送法辦4廠。該大隊現與該溪志工巡守隊綿密配合攜手打擊環保污染，本署與台南市共同宣誓打擊污染結合環保志工隊等民間力量，以宣誓守護河川決心。
今（6月12日）日該大隊再會同台南地方法院檢察署、內政部空中勤務總隊勤務第三大隊、環保警察隊第三中隊、台南縣環保局及台南市環保局，共同執行鹽水溪污染源陸空聯合稽查任務，惟因台南地區天候不佳，空中巡查將另擇期辦理。本日雖下豪大雨，為查緝廠商藉天候不良違法偷排，本次地面聯合稽查行動仍由台南地檢署出動3位檢察官會同，環保單位則有環保警察4人、稽查人員9組33人。總計稽查22件，告發 8 件（含水污染 4 件、廢棄物污染 4 件），其中某公司從事廢塑膠粒回收作業買賣之違章工廠，因違反水污染防治法於3月間遭台南縣環保局勒令停工，稽查時發現該洗料機正進行塑膠廢料清洗作業，由台南地檢署檢察官指揮偵辦，依違反該法第38條規定移送法辦。
為推動大台南地區環境守護行動，該署前已於本（96）年3月與台南地檢署、台南縣、市環保局、警察局、環保警察隊第三中隊、台南市社區大學及環保團體結盟，達成公害污染防制共識及稽查機制。為減少大台南地區環境污染，類似陸空聯合稽查行動未來仍將持續不定期舉行，該署呼籲事業單位應妥善維護操作廢水處理設施，不容許有偷排廢水、非法棄置、露天燃燒有害健康物質之行為；民眾若發現有污染情事，請立即向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800-066666），環保單位將立即派員前往稽查遏止污染情事。