環保署為避免事業廢水排放重金屬影響灌溉用水及造成農地污染，從源頭管理，首次依據水污法總量管制規定，並修訂「水污染防治措施計畫及許可審查管理辦法」，協助地方政府劃設公告總量管制區，加嚴管制農業灌區內的工廠重金屬排放標準，限制區內重金屬排放許可核發，對區內事業情節重大違規行為最重可「廢證」，且不再核發其相關許可證。
環保署表示，目前總量管制污染物包括銅、鋅、鎳、鎘、總鉻及六價鉻這6項重金屬，是電鍍、化工、整染及製紙等工業在製程中，常會隨著廢水而排放出的重金屬。儘管政府已制定法令，要求工廠排放廢水必須符合放流水標準。但是廢水中微量重金屬到水體後，經由農田長期引灌而累積在土壤裡，久而久之，經由農作物吸收後，人類因食用而累積在人體，對國民健康造成傷害。
為從源頭管制農地污染，環保署訂定「三箭齊發計畫」，第一箭為加嚴事業廢水排放標準；第二箭則是強化事業廢水排放許可管理；第三箭強化與地方合作，由地方政府劃定總量管制區並公告總量管制計畫，目前包括桃園市、臺中市及彰化縣，均已完成總量管制區劃設規劃及研擬管制計畫內容。
環保署水保處處長葉俊宏強調，臺灣地狹人稠，許多農田灌排難分，工廠緊鄰田地的景象比比皆是，而這些工廠放流水，日積月累下往往成為農地污染的源頭。環保署除了修法從嚴管理，將罰鍰上限由60萬元大幅提高到2000萬元，而事業若故意排放重金屬超過放流水標準，可能面臨水污法處3年以下有期徒刑及最高500萬元罰金；若是違章工廠或繞流等情節重大者，可加重處5年以下有期徒刑，及最高1500萬元罰金。
同時，依據水污法規定授權，地方政府可對事業排放重金屬進行總量管制。若已超過水體承受總量，地方將不再核發有排放重金屬事業的廢水排放許可證，等於是禁止新設有排放重金屬工廠，進駐農業灌溉區。事業若無法符合加嚴放流水標準，可選擇排放至管制區外，或進駐工業區將廢水統一納管處理。不僅兼顧產業生存，亦可保護灌溉水源及優質農地。