有關台塑公司等對原核定之用水量雖經工業局依其權責於95年9月22日同意調配供應，並經該局於同年10月14日轉開發單位之環評變更案送環保署審查，惟目前召開3次環評專案小組會議，尚有多項問題待開發單位補充、修正，且因尚未通過審查，依環評法第16條規定：「已通過之環境影響說明書或評估書，非經主管機關及目的事業主管機關核准，不得變更原申請內容。」因此，開發單位於環評變更案未經審查核准前，應依原通過之環境影響說明書內容執行。至本案工業局與環保署之橫向聯繫並無報載所謂「不合理失控」等情事。
「六輕四期擴建計畫環境影響說明書」前經環保署審查通過，並於93年1月19日公告審查結論在案。依該審查結論第1點，開發單位應積極推動各項改善措施，並於本案環評審查結論公告日起三年內（亦即96年1月19日前），將六輕各計畫合計之用水總量減至原六輕三期之核定量，即用水總量257,000噸/日，依上開環境影響說明書定稿本，台塑企業等14家公司出具之「開發單位履行環評責任承諾書」，開發單位已切結當遵照上開結論辦理，違反者將受環評法第23條規定處分。
該署為監督用水總量是否符合上述環評規定，於96年1月23日派員會同雲林縣環保局赴麥寮工業區現場查核六輕相關計畫用水總量如下：依開發單位所提供「六輕相關計畫整體用水平衡現況」示意圖，每日補充水量為314,553噸/日；96年1月份日平均用水流量統計表顯示，1月21日用水總量為283,300噸/日，1月1日至1月21日平均用水總量為298,054噸/日。當日（1月23日）現場實地查核用水流量計（流量錶），其用水總量為3.65CMS～3.72CMS（約315,360噸/日～321,408噸/日）。
上開用水總量超過六輕四期擴建計畫環評結論核定之257,000噸/日，已違反環評法第17條規定：「開發單位應依環境影響說明書、評估書所載之內容及審查結論，切實執行。」環保署爰於96年2月7日依「行政程序法」及「行政罰法」規定，請開發單位於2月28日前提出陳述意見，或以言詞代替陳述書方式提出說明。台塑石化股份有限公司（代表14家企業）於96年2月27日提出陳述意見略以「由於六輕建廠數由一期 33廠增加至四期之77廠，製程熱量移除無法避免之蒸發損失及廢水回收技術仍有瓶頸尚待突破，致本案無法達環評審查結論要求之257,000萬噸/日用水量。」
依陳述意見，本案開發單位違反環評審查結論之事實至為明確，環保署依環評法第23條規定，將分別裁處14家開發單位各新台幣30萬元至150萬元罰款，並限期開發單位於規定期限完成改善。