環保署為避免有害事業廢棄物非法輸出、入，導致其他國家或國內的環境二次污染，甚至引發國際糾紛事件，94年度該署積極協同財政部台中關稅局進行查驗，已有效實施稽查管制。該署環境督察總隊中區環境督察大隊統計94年7至12月向財政部台中關稅局報關進出口疑似廢棄物案僅計1件，係因業者未經許可輸出仍屬廢棄物之廢塑膠，依違反廢棄物清理法第38條規定告發處分，與上半年台中關稅局通報15件，經查6件違反廢棄物清理法相關規定，其中2件涉行政刑法規範移送法辦比較，類案已有明顯減少情形。
環保署表示，事業廢棄物之輸入、輸出、過境、轉口，應向地方環保局申請核發許可文件後，始得為之；但事業廢棄物經中央主管機關會商目的事業主管機關公告屬產業用料需求者，不在此限。該署統計94年度已有84件（輸入10件、輸出73件）申請取得輸出入許可文件，合法進行廢棄物輸出、入的業務。至於少數從事廢棄物非法輸出入之業者或報關行因不熟悉法令，或圖僥倖闖關，往往辯稱其輸出入物品均為可用貨物，並不是廢棄物，而當稽查人員請業者或報關行提供貨物來源資料時，渠等一般均無法提供，致觸犯法令。
環保署指出，依94年統計資料顯示，廢棄物非法輸出入之高峰期，是在每年的農曆年前後，因事業單位在歲末年終會進行大清倉，而不肖業者將廢棄之不良品集中後即可能報關出口。該署表示，依有害事業廢棄物認定標準附表二有關不同清理階段之混合五金廢料於輸出入階段，屬有害事業廢棄物，業者若未向主管機關申請事業廢棄物之輸入、輸出許可文件，即報關進出口，將涉違反廢棄物清理法第38條規定，須處以新台幣6萬元以上，30萬元以下罰鍰，倘經查為非法清理者，尚涉行政刑罰，業者切勿因小失大，觸犯法網。
環保署表示，為有效管理有害廢棄物越境轉移問題，台灣與日本已於94年12月初順利完成簽署雙邊協定，將共同管制有害廢棄物越境運送與處理，希望能依此模式與更多有能力處理有害廢棄物的國家簽署雙邊協定，使國內的有害廢棄物能得到妥善處理。環保署再次呼籲，基於環境保護立場及國際公約管制有害廢棄物跨國運送行為，業者應依相關法令規定申請事業廢棄物輸出、入許可後，始可為之，而對於任何企圖非法輸出、入廢棄物之業者，該署仍將嚴加把關，加強稽查管制，以防杜廢棄物非法輸出入危害環境及損害我國聲譽。