環保署於104年9月30日修正發布「水污染防治各項許可申請收費標準」，全文共8條，主要配合104年2月4日修正公布水污染防治法之內容，以實質審查及簡政便民原則，調整各項許可申請審查項目及收費費額，落實實務管理。
環保署表示，該收費標準係依水污染防治法第67條第2項規定，自83年訂定發布，經87年、91年、93年3次修正，迄今已逾11年。本次修正主要係因應水污染防治法修正及相關許可、水措管制新增之規定，增列水質水量自動監測、許可試車與功能測試、專家審查機制、網路申請及風險評估與管理報告等審查項目及費額。同時，除依現行規定依廢污水專責人員設置規模予以區分不同費額外，並增列依各項許可之申請、事前變更、事後變更、展延等，訂定不同之收費費額，使收取之審查費用更為合宜。
費額除依規費法規定，以其審查文件複雜度，申請類別所需之資料審查程序、系統與設備之維護管理、審查人力工時及物價指數等，估算審查成本外，另為簡政便民並鼓勵民眾多多利用網路，對以網路申請者，收費則予以折扣；申請案併同注入地下水體或排放土壤許可提出申請者，其審查費僅依最高者計費，以減輕業者負擔。
有關本次修正發布相關內容請參閱環保署新聞專區下載附加檔案（http://ivy5.epa.gov.tw/enews/fact_index.aspx），或於該署網站（http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「環保法規」網頁下載參閱。