馬公厝大排為雲林縣中部主要的排水渠道，流域內污染源共列管132廠(場)家污染廠(場)所，包括12家一般事業及120家畜牧業者，其中以褒忠鄉88家養豬業者為最。為避免事業廢(污)水未妥善處理直接排入渠道，使水質更惡化，環保署環境督察總隊特別研訂馬公厝大排沿岸污染源管制計畫，自97年1月1日起執行，期能減輕該排水渠道水質污染。
環保署表示，自95年起規劃執行雲林地區區域性排水渠道沿岸污染源管制計畫，積極取締污染以來，自95年1月起至96年11月底共計稽查392件，採樣123件，查獲違反環保法規告發42件，有效嚇阻重大污染事件發生；預定自97年度開始，將再鎖定馬公厝大排沿岸畜牧業等污染源為重點稽查對象。環保署說，稽查取締罰鍰只是環境管理的手段，最終還是應以提昇環境品質與創造永續環境為主要目的，未來環保署亦將推動養豬廢水轉化為再生能源的相關工作，以加強畜牧業廢水管理。
環保署呼籲民眾，如發現違法情事，請勇於檢舉，立即向該署提供線索，並可隨時利用環保署免費公害陳情專線：0800- 066666通報，以便及時派員取締，以遏阻污染發生，同時也籲請養豬業者配合政府政策與法令，共同維護環境品質。