行政院環保署本(二十一)日發布九十年上半年飲用水水質抽驗結果，共抽驗自來水水樣五、九五一件，不合格一○八件，不合格率為一‧八一％，其中不合格率超過一個百分點的縣(市)依高低排序分別為金門縣、連江縣，超過○‧五個百分點的縣(市)依序為高雄市、高雄縣、澎湖縣，不合格項目以氨氮、自由有效餘氯、pH值、氯鹽及大腸桿菌群等項目居多；其餘縣(市)不合格率均低於百分之一，抽驗結果合格率達百分之百之縣(市)有台北縣、宜蘭縣、桃園縣、新竹縣、苗栗縣、台中縣、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、台南縣、屏東縣、台東縣、基隆市、台北市、新竹市、台中市、嘉義市等十七個縣(市)，顯示大部分縣(市)自來水水質均合乎標準。另供飲用的非自來水水樣共抽驗二三七件，不合格一三二件，不合格率為五十五‧七○％，不合格項目主要為大腸桿菌群、氨氮、濁度及總菌落數等項目。
環保署表示，九十年一至六月自來水水質抽驗不合格率雖較去(八十九)年高出○‧二二百分點，但有台北縣等十七個縣(市)自來水水質均合乎標準，僅有離島及高雄地區因水源的水質狀況不佳或淨水處理程序操作不良，致抽驗不合格率偏高。依不合格項目來判斷，以氨氮項目五十九次不合格最多，其次依序為自由有效餘氯二十九次、pH值十七次、氯鹽八次及大腸桿菌群四次等，大都屬影響適飲性項目，其中氨氮不合格主要係因自八十九年十二月一日起(第二階段飲用水水質標準施行)氨氮標準值由○‧五毫克／公升加嚴至○‧一毫克／公升(較其他先進國家嚴格)；自由有效餘氯、pH值及氯鹽等項目不合格主要在離島地區，其原因大抵是因離島地區受天然環境因素影響，致水源鹽化及水源的水質狀況不佳且淨水場處理操作有瑕疵，尤其金門縣的自由有效餘氯及pH值常低於標準值之下限。環保署進一步表示，自來水水質抽驗不合格原因大抵是部分水源的水質狀況不佳、管線可能遭受到污染及淨水操作程序有瑕疵等。環保單位對於抽驗結果未符合飲用水水質標準者，除依法處分外，並均通知供水單位限期改善完成，以有效督促自來水事業單位加強水質的監控並提升淨水處理程序。
環保署說，供飲用的非自來水水質不合格率偏高原因，主要是因大部分簡易自來水、飲用水井、山泉水等均未經過妥善的處理及消毒，以相同的飲用水水質標準作為判斷依據，不合格率自然偏高。對於未接用自來水地區供飲用的非自來水，除由地方環保機關加強水質查驗外，並加強宣導民眾，已裝設消毒設備的非自來水系統應確實加藥消毒，未裝設消毒設備者，應煮沸後才可以飲用，切勿生飲等，此外，並要求縣(市)政府及經濟部、原住民委員會等相關單位加速進行簡易自來水改善工作。
環保署強調，雖於去(八十九)年七、八月份因高屏溪受不肖業者傾倒廢溶劑污染水源事件，造成大高雄地區民眾用水恐慌，惟九十年上半年台閩地區自來水水質抽驗合格率尚達百分之九十八•一九，自來水可以說是最安全的飲用水。為確保民眾飲用水安全，環保機關除持續對飲用水水質進行抽驗工作外，環保署亦會同經濟部繼續督導台灣省自來水公司儘速推動大高雄地區自來水後續改善工程計畫(增設高級處理設備、取水口往上移、越域引水等)，並持續要求自來水公司加強淨水處理。環保署亦呼籲，改善飲用水品質治本之道仍在水源水質保護，目前正執行行政院核定之「飲用水水源水質保護綱要計畫—高屏溪等五大流域」水源保護區養豬戶(場)依法拆除補償工作，將有效改善飲用水水源，希望民眾不要在於水源區內飼養豬隻或傾倒廢棄物，共同維護水源之潔淨。