行政院環境保護署為提昇事業廢水管制成效，於九十三年度起,陸續採行多項對策﹐包括事業污染源專案稽查管制﹑推動事業污染預防管理及徵收水污費等政策。以河川污染整治為前提,由法制﹑技術及執行面﹐全方位檢討現行事業廢水管制體系及架構。
台灣河川污染日益嚴重，部分更被冠上｢黑龍江｣﹑｢死河｣等稱號，但河川整治成效非一朝一夕可成。而｢生活廢水｣﹑｢事業廢水--工業廢水及畜牧廢水｣排放則為扼殺河川生態的二大凶手。其中事業廢水則因水量及污染種類變異亟大，成為環保機關污染管制之首要課題｡
為加強事業廢水排放源頭管制，環保署於九十三年度專案優先推動｢河川污染削減計畫—水污染重點稽查行動計畫｣，鎖定養豬業﹑製革業及營建工地及土石方堆（棄）置場三大污染源加強稽查管制。至六月底止，採不定時方式，共稽查三七五二家列管事業，處分一六五家違法業者。除嚴格督促業者妥善操作其廢水處理設施。並藉以宣示政府打擊及整頓不法事業污染源的決心。
目前事業廢水管理體系已達完成設置廢(污)水處理設施之階段性管制工作，惟大多數業者仍停滯於管末處理方式，無法提昇污染減量成效。對此，環保署特參考美日等先進國家的環保趨勢，引進｢污染預防管理｣觀念,規劃以設施規範﹑源頭減量等措施，按照各行業特性，擬定最佳化的管理模式，提昇事業自我管理及污染減量意願，使事業廢水管理機制進化成為污染預防及稽查雙軌制度。
基於「污染者付費」精神，環保署預定於九十五年徵收水污染防治費。徵收初期以事業為徵收對象，家戶的徵收則於三年後再予考量。配合「行政管制」及「經濟誘因」，希望以經濟手段，在最小的社會成本下，達到污染減量的目的，並專款使用水污費，使事業廢水污染減量效率加倍，以有效減輕河川污染負荷。