水污染防治法修正草案已於九十一年四月二十五日經立法院三讀通過，環保署表示，本次修正係配合「經濟發展諮詢委員會議」的結論，修正通過賦予科學園區、加工出口區等特定地區核發排放許可的權責，以縮短審查程序，並因應行政程序法的施行，將涉及人民權利義務者，以法律或法律明確授權定之，尤其明定向事業、污水下水道系統及家戶徵收水污染防治費，及增列家戶拒繳水污染防治費之罰則，修正後條文共七十五條。
環保署說，因應「經濟發展諮詢委員會議」的結論，針對科學園區、加工出口區及中央目的事業主管機關管理的工業區土地成立專責管理機構，統一政策規劃管理，並賦予相關證照核發的權責，以有效縮短興辦工業人設廠的時程，增列規定可由中央主管機關委託的機關辦理特定區域內事業的水污染防治措施計畫審查、排放許可證的審查及展延。
環保署表示，原本預定於八十七年徵收水污染防治費，因基於法律授權未明確而暫緩徵收，而在本次修正水污染防治法中，已具體明列水污染防治費的徵收對象為事業、污水下水道系統及家戶，並明列水污染防治費的用途，包括河川污染整治、水源保護區水質改善、公共污水下水道之建設等，預期對水污染防治經費有重大助益。
為因應立法院通過該修正案，環保署計畫以一年時間規劃水污費徵收事宜，第一階段以事業及工業區污水下水道系統為徵收對象，家戶之水污染防治費則三年後再予考量。規劃中的徵收方式是以排放污染量為計費依據，例如事業污染減量愈多，繳交的水污費將愈少，是以徵收水污費為污染減量的經濟誘因之一，期能在水污染行政管制外，提供另一減量手段，減少污染排放量，並挹注河川污染整治的經費。環保署說，水污染防治費之徵收相關資料可參考行政院環境保護署網址http://www.epa.gov.tw。
水污法修正另一重點為，對於水污染事件未採取緊急應變措施者或不遵行環保主管機關所為之命令，因而致人於死、致重傷者或致危害人體健康導致疾病者，其徒刑及得併科罰金額度皆大幅提高，最高可處無期徒刑及五百萬元以下罰金；同時，不實申報廢水處理設施的操作及水質水量者應注意了，經查獲不實申報，其科或併科罰金將由現行三萬元以下提高至二十萬元以上一百萬元以下。環保署為促使業者誠實申報，反應確實的排放水質及水量，以公平徵收水污染防治費，將透過查核環境檢驗公司的品保品管，確認其是否誠實申報，如經查獲違法者，將移送法辦。對於因受水污染防治法處分停工而不停工者，負責人移送法辦，其科或併科罰金的額度，也由三萬元提升至二十萬元以下一百萬元以上之罰鍰，促請業者遵守法令的規定。