環保署於98年辦理「運作中工廠土壤及地下水含氯有機溶劑污染潛勢調查及查證計畫」時，經查證後於該年11月確認台塑仁武廠之土壤及地下水已遭受嚴重污染，隨即追查污染原因。環保署表示，基於認定台塑公司對於已疏漏之污染未通報，且未全面採取緊急應變措施，導致造成地下水污染，台塑公司已違反水污染防治法（以下簡稱水污法）第28條規定，爰引行政罰法第18條第2項規定，對其裁處罰鍰之金額，於違反義務所得利益之範圍內加重。環保署已於99年5月18日初步針對該公司違反情事，就未即時限縮污染及清除洩漏污染物之情節，據以作為加重罰額之核計基礎。惟最終加重罰額之方案，仍需依核定後之污染整治計畫而定。環保署表示高雄市政府已於今年4月29日召開「台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠土壤及地下水污染擴散及整治」專家小組第九次會議，審查通過「台塑仁武廠土壤及地下水污染整治場址污染整治計畫」，因而建立不當利得之計算基準。目前高雄市政府已參照專家學者意見，初步核算處分金額約八千餘萬。
為了查明台塑仁武廠違反水污染防治法（以下簡稱水污法）第28條之具體事證，環保署於案件發生後99年間密集派員會同當時高雄縣政府環保局前往該廠查核，環保署表示，依據該公司資料顯示，仁武廠曾於民國92年進行土壤及地下水之污染調查計畫，92年12月起即陸續知悉全廠區地下水污染嚴重，惟未通報主管機關，且未依環保署公告之緊急應變措施內容及執行方式採取緊急應變措施，全面採取積極應變處理措施，限制污染影響範圍，清除洩漏污染物質，而延遲至98年該署辦理運作中工廠土壤及地下水查證工作，確認該廠之土壤及地下水已遭受嚴重污染後，始於98年11月採取污染控制及清除地下水污染物工作，已違反水污染防治法（以下簡稱水污法）第28條相關規定，審酌該公司應受責難程度高，且違反行政法上義務受有高額經濟利益等因素，爰引用行政罰法第18條第2項，對其裁處罰鍰將於違反義務所得利益之範圍內加重。環保署已責成高雄市政府除依水污法第28條裁罰外，另依行政罰法第18條就台塑仁武廠違反水污法第28條相關規定而獲有利益之情事，核計不當利得加重裁罰。環保署已於99年5月18日將完成裁罰方案核計原則及方法作成查處建議報告函送高雄市政府辦理後續裁處作業。
鑑於台塑公司惡意隱匿污染情事，且延遲6年時間未全面採取緊急處理措施，以致污染土壤及地下水等地面下環境介質，環保署為落實環境正義精神，特別重視此案，分別於今年1月14日、1月26日及3月9日數度會同縣市合併後的高雄市政府召開台塑仁武廠污染案件違反水污法加重裁罰研商會，以協助及督導高雄市政府辦理裁罰作業。
環保署說明高雄市政府已於2月23日函請台塑公司就違反水污法第28條及將援引行政罰法第18條加重裁罰之情節陳述意見，經高雄市政府審酌台塑公司陳述意見後，仍決定將依法處分。為求審慎，高雄市政府再於4月15日邀集環工、法律及財會專家針對本案裁罰因子及具體內容召開諮詢會議。目前高雄市政府已參照專家學者意見初步核算處分金額約八千餘萬。因案屬高雄市政府地方自治之權責，為督促該府儘速確認處分金額完成裁處，環保署表示將持續協助高雄市政府加速辦理裁處作業，以符社會期待。