立法院審議中的「水患治理特別條例（草案）」，日前經朝野協商，在該條例第７條第４項規定：「本條例施行日起兩年內得免依環境影響評估法辦理環境影響評估。」行政院環保署表示，此例一開，將嚴重破壞環境影響評估機制，請立法委員三思。
「水患治理特別條例」目的在加速治理易淹水地區水患，保障人民生命財產，提昇當地居民生活品質，並保育優質水環境。惟在立法院審議時，有委員提案建議執行本條例之工程行為，得不受環境影響評估法第五條規定之限制。環保署雖派員參與表達反對意見，但經過協商，仍然在其中第７條增列：「本條例施行日起兩年內得免依環境影響評估法辦理環境影響評估。」
環境影響評估的目的，在於預防及減輕開發行為對環境可能造成不良影響，維護自然資源永續利用。防洪排水工程對環境有不良影響之虞時，應該經由環境影響評估的實施，事前防範可能對環境造成負面影響，以兼顧治水與環境保護。環保署表示，依照現行環境影響評估相關法規，工程達一定規模以上或位於環境敏感區位者，始需辦理環境影響評估，且如屬災害復舊之緊急性工程，亦有免辦理環境影響評估之規定。以九二一震災重建或基隆河整治為例，是在特別法中，以提出環境影響因應對策替代環境影響評估說明書送審方式進行，在震災重建、員山子分洪工程規劃時，思考可能對環境造成之影響，並妥善研擬減輕對策。上述案例在實施過程中，亦未發生窒礙難行之情形。
環保署擔心此例一開，會有其他法案比照辦理，使環境影響評估制度的維護遭到嚴重的挑戰。因此環保署籲請立法委員勿於「水患治理特別條例」中增列「免辦理環境影響評估」之規定。