李應元署長本（15）日一早搭機至澎湖，由環保局馬局長陪同至湖西鄉垃圾轉運站、龍尖碼頭等地瞭解目前澎湖縣垃圾堆置、打包、轉運及營運管理等情形，並至澎湖縣政府就澎湖縣垃圾處理對策於縣府與陳縣長光復共同召開記者會，提出協助澎湖縣垃圾處理措施及未來垃圾處理方向。
環保署表示澎湖縣每年清運量約1萬8,000公噸家戶垃圾，並將家戶垃圾進行跨海送本島高雄市等外縣市協助處理，惟近期因高雄市焚化廠意外火警、其他縣市焚化廠適逢焚化設施歲修，頓時協助焚化處理量能銳減，導致澎湖縣內垃圾無法順利轉運，須採取暫時堆置在合法掩埋場，並且已協商部分縣市代焚化約三分之一堆置垃圾量。
李應元署長表示，離島均屬觀光地區尤其環境品質更需保護，自過去中央均列為重點輔導協處地區，環保署仍會全力協助處理澎湖縣垃圾問題，目前已分3階段協助地方垃圾處理：
短期持續積極協調本島有焚化廠縣市協助焚化處理量能外，請澎湖縣利用現有合法掩埋場空間先行堆置，並執行環境衛生消毒工作，對於垃圾無法轉運過渡期間責成地方進行垃圾打包處理，避免惡臭及垃圾飛散問題外，同時可大幅降低對周邊環境衛生影響，當場已責請澎湖縣儘速向環保署提出改善經費計畫，環保署即速審理據以核撥經費，以期有效處理目前暫置垃圾問題。另環保局及湖西鄉公所針對紅羅掩埋場及轉運站垃圾暫置情形如有改善方案也可儘速提出，將一併予以協助。
中期部分為有效垃圾減量，節省清運及處理費用，請澎湖縣環保局儘速向環保署提出機械生物處理(Mechanical Biological Treatment, MBT)或機械處理(Mechanical Treatment, MT)等勞務委辦試驗計畫，將廢棄物轉化為廢棄物衍生燃料（Refuse Derived Fuel, RDF)，逐漸降低委託外縣市處理之依賴度。
長期環保署依行政院核定「多元化垃圾處理計畫」優先輔導未營運或未設置焚化設施之地區（如澎湖縣）興設MBT、氣化等在地自主性生質廢棄物能源設施，將廢棄物轉換為燃料並應用於能源發電等，將垃圾處理危機化為再生能源轉機。
環保署最後強調，垃圾是被錯置的資源，開闢資源與垃圾處理一體兩面，將考驗民眾與政府是否一起努力付諸行動，鼓勵民眾積極執行垃圾源頭減量與分類，同時搭配垃圾分選與生質能源化設備將垃圾轉型生質能源產品，並與產業結盟提供替代鍋爐所需燃料，相信過去一直被嫌棄垃圾勢必轉型為再生能源重要角色，在此自主處理設施興設過渡期間，環保署仍會積極跟有焚化爐之縣市協調，協助處理澎湖縣垃圾。