對於事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施違反水污染防治法案件，環保署為使主管機關裁處罰鍰額度符合比例原則，已於97年5月13日發布「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」，該準則分別以（一）污染源規模或類型（二）不符合放流水標準排放或其他污染行為（三）違規紀錄（四）承受水體或環境類型（五）其他等，做為裁罰考量因子，綜合上述裁罰準則，事業（不含畜牧業）或污水下水道系統繞流排放廢（污）水經採樣檢測不合格，將遭裁處18萬元至60萬元不等之罰鍰，同時限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業，必要時，並得廢止其排放許可證、簡易排放許可文件或勒令歇業。
環保署環境督察總隊南區環境督察大隊最近於台南縣查獲乙家屠宰工廠直接將屠宰作業產生之血紅廢水抽排至廠旁公用大排水溝內，造成整條排水溝血水及浮油污染嚴重，除給予重罰外並列為加強稽查對象。
環保署環境督察總隊南區環境督察大隊特別呼籲業者勿心存僥倖，也請大家一起為維護我們的地球環境共同努力，為有效遏止業者違法排放廢水造成污染，除政府部門的積極作為外，仍需民眾全力配合，如發現周遭違規排放廢水行為時，請立即向環保單位報案，環保報案專線免付費電話0800-066666、或直撥110向警察單位報案。環保署呼籲業者應遵守環保法規，共同留給後代子孫美好的環境。