土壤及地下水污染整治費係前民進黨執政於90年10月開始徵收，當時與業界研商過程，因只向特定公告化學物質製造及輸入業者徵收，性質並非污染者付費，屢遭業者反彈，為使開徵順利，環保署於「土壤及地下水污染整治費收費辦法」草案中，考量當時業者輸入化學物質過剩再行出口，並非國內使用，始有出口退費機制。原收費辦法規定以繳費物質出口可70％退費，後基於國際競爭、行政成本及產製過程所生污染由業者自行負責等考量，爰於92年5月修定收費辦法，提高出口退費比例為95％。
現因國內時空背景已大不相同，早期國內僅進口原油，國內除自用外，並無產製油品輸出過程及行為，故配合徵收制度而設立出口退費機制，近期由於石油煉製業發達，才開始有國內產製及出口行為。基於製造及運輸風險考量，新政府於98年重新思考出口退費的必要性及公平性，並研提「逐步取消出口退費」等政策，整體政策方向並於98年12月30日第25次土污基金委員會同意，未來將視油品國內產製、運送及貯存風險，重新檢討出口退費制度。另土污法99年2月3日公布修正通過，環保署將於半年內研提土污費收費辦法修正，擴大費基並同時整體考量檢討合理降低出口退費比率。
自91年土污費開徵至98年，中油及台塑分別徵收30.9億及21.7億元土污費，另出口退費分別6.1億及11.4億元，詳如附表。
有關土污費查核工作，環保署表示每年持續委由專業單位依法查核，以杜絕外界對該署是否有把關不嚴之疑慮併予說明。