環保署於九十一年一月二日訂定發布「公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準」，對於依「公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法」向核發機關申請辦理各項廢棄物清除處理機構許可案件的業者，須依前述收費標準規定繳納相關費用。
環保署表示，以往尚未訂定廢棄物清除處理機構申辦各項案件的相關收費時，各地方主管機關並無收取受理前述申辦許可案件相關審查費用的依據，所以部分地方主管機關經議會同意自訂收取證照費﹝含核換(補)發﹞。因目前各項環保業務申請案件均訂定收費標準，如水污染防治許可費、固定污染源許可費、環境影響評估審查費、環境用藥審查費及環保標章產品審查費等，因收取相關審查費用，涉及人民權利或課以人民義務，需以法律定之，故於九十年十月二十四日修正公布的廢棄物清理法納入受理各項申辦審理許可案件收費法源依據，依該法第七十三條規定，訂定「公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準」，以供核發機關受理廢棄物清除處理機構申辦各項許可收取相關費用的依據‧
環保署說，該收費標準包括規定受理各項申請清理許可案件的審查費、核(換、補)發許可證之證書費；至於僅變更許可證的基本資料，其未變更原申請文件內容者，免繳納審查費。而收費標準所訂定申請各項許可證或同意設置文件的審查費，依其所申請廢棄物清除、處理類別及級別審查時實際所需人力及相關費用，分別訂定不同收費額度。如清除機構許可證核發、展延或變更的審查費，甲級為二萬五千元，乙級及丙級為一萬五千元；處理機構及清理機構同意設置文件的核發或變更，甲級為四萬元，乙級為二萬四千元，處理機構及清理機構許可證核發、展延或變更，甲級為五萬五千元，乙級為四萬元，前述計算基準包含分攤行政人員審查作業薪資、邀請三至五位專家學者技術審查費(含書面審查及現勘出席、交通等)及相關郵電、資料影印、文件處理等雜費；另對於申請核發、換發或補發許可證的證書費，則依實際所需支出成本訂為新台幣一千元。
環保署表示：今後受理廢棄物清除處理機構各項申請案件許可，核發機關將有足夠財源，以提昇各項許可案件的審查品質及加快核發的速度。