為協助地方登革熱防治避免疫情擴大，環保署將規劃全民總動員清除孳生源之環境清潔活動，利用假日推動「滅蚊大作戰」，加強宣導民眾「巡、倒、清、刷」清除病媒蚊孳生源，針對疫病熱區之縣市，也提供殺蟲藥投入側溝等，消滅病媒蚊幼蟲達到有效防止登革熱蔓延及降低疫情發生。
環保署指出，環保署已成立「環保署登革熱孳生源清除指揮中心」，每周都召集相關單位共同進行登革熱本土疫情分析，持續調整因應作為以有效協助地方政府做好防治工作。
環保署表示，今年3月起，該署就開始辦理「全國登革熱病媒蚊孳生源複式動員檢查評比專案計畫」，協助地方環保局在6月至12月的登革熱疫病高峰期內，加強各轄內複式動員清除孳生源。7月底前全國環保機關共動員病媒蚊孳生源清除63萬517人次，清除容器192萬3,819個廢輪胎及清理3萬5,342個，降低病媒蚊孳生環境條件。
此外，環保署三區環境督察大隊也同時進行病例熱區里孳生源不預警抽查作業，當直轄市、縣（市）本土病例發病累計數達51例以上，就啟動該行政區之登革熱不預警抽查，目前在臺南市17區、高雄市12區中共抽查了8,149件，告發78件，且在學生開學前後加強校園內外登革熱孳生源巡查作業。
在今年疫情最嚴重的臺南市，根據臺南市環保局提送的「104年度臺南市登革熱病媒蚊孳生源清除暨緊急戶外環境清理專案計畫」，環保署也優先提撥經費，支援進行熱區空屋空地孳生源清除作業並建檔列管。
另環保署也於官方網頁建置登革熱專區，提供相關孳生源樣態（如積水容器等）、清除登革熱病媒蚊孳生源自我檢查表等內容供民眾瀏覽，並連結衛福部疾管署網頁，協助民眾獲取防治登革熱資訊。