為維護水源保護區飲用水水源水質，行政院於八十七年十二月間核定「飲用水水源水質保護綱要計畫｜高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分」，至九十年底已達百分九十九‧二之養豬戶完成拆除工作，計減少四千九百餘戶約五十六萬餘頭豬隻。
高屏溪流域水質於本計畫執行後，全流域未受污染河段，已由八十九年之五○．七公里增長為一一一．六公里，計增長六○．九公里。另分析高屏溪六龜大橋、月眉橋、新旗尾橋、大津橋等水質測站，發現氨氮含量於六龜大橋站由八十八年五月之○．二三毫克／公升降為九十一年四月之○．○五毫克／公升、月眉橋○．一五毫克／公升降為○．○四毫克／公升、新旗尾橋○．二八毫克／公升降為○．○五毫克／公升、大津橋○．一七毫克／公升降為○．○三毫克／公升均符合甲類水體水質，可見經執行本項拆遷專案後，高屏溪受養豬廢水污染之程度已有大幅改善。
環保署為確實掌握水源區養豬戶續養狀況，特再進行專案清查，計有續養戶數二七九戶、頭數一一、五二０頭。另具結續養戶亦已屆限期。經依全面建檔列管、加強稽查資料、積極勸導、告發等多管齊下方式，以促使停養。至九十一年七月十五日止，養豬戶已陸續減養分批出清豬隻，養豬戶數及頭數大幅降低，大型養豬場已全面出清，尚餘二十頭以上至一九九頭以下續養戶數二十七場，續養頭數已降為一、八○六頭。有關五大流域水源區內飼養二十頭以上養豬戶減養其現況如下：
一、 大漢溪鳶山堰以上水源區 ：續養戶數僅剩十二戶、頭數五八九頭。
二、 頭前溪流域湳雅取水口以上水源區：無
三、 大甲溪流域石岡壩以上水源區：無
四、 曾文溪流域曾文備用淨水場以上水源區：無
五、 高屏溪流域大樹攔河堰以上水源區：續養戶數僅剩十五戶、頭數一、二一七頭。
為促使上述續養戶早日停養，環保署環境督察總隊已再次進行密集稽查告發二十二場，顯示該署維護水源保護區水質的堅定決心。環保署表示少數水源區養豬戶續養、復養情形除嚴格持續採嚴密稽查告發處分，違規且逾期者將移送法院強制執行外，亦不排除以拆除違法建築設施手段，以杜絕水污染行為，確保水源保護區環境品質。