高雄縣阿公店溪流經燕巢鄉、田寮鄉、永安鄉、岡山鎮、彌陀鄉、阿蓮鄉、路竹鄉等鄉鎮，污染來源有工業廢水、畜牧廢水及家庭污水，而工業廢水則大部分來自金屬表面處理業、電鍍業及金屬工業，其中又以從事螺絲釘、螺帽電鍍等表面處理，所排放之酸洗廢水及電鍍廢水為主要污染來源，因其廢水中含有大量鐵離子，若未經妥善處理即排放，就會造成河水紅褐色的嚴重污染。
環保署環境督察總隊南區督察大隊今年初即針對該等污染源持續加強稽查列管，迄今已稽查142廠次，查獲違反環保法令而告發處分者達50件，其中查獲未妥善處理廢水而偷排或繞流排放原廢水者有8家，包括工廠6家、養豬場2家，均以高額罰鍰予以處分並要求改善。
環保署表示，今年來在阿公店溪流域查獲偷排廢水之工廠中，竟然還有股票上市之大型事業，利用假日或雨天偷排未經妥善處理之原廢水，其廢水酸鹼值(pH) 甚至小於2屬強酸性，也有位於工業區應納管之工廠，連續2個月被查獲利用雨水溝偷排廢水。
環保署呼籲業者勿再心存僥倖，應妥善操作廢水處理設施，以免受罰，未來該署南區大隊將會繼續鎖定可能偷排之業者，執行假日或夜間強力稽查，以揪出不法偷排業者，期能促使阿公店溪的水質獲得更進一步的改善，還給沿岸居民清新的生活環境。