環保署為解決養豬廢水長期污染高屏地區飲用水水源問題，自89年底執行高屏溪離牧計畫拆除養豬戶補償計畫以來，4年來環保單位查核工作仍未放鬆，水源保護區內4千多家拆除戶尚無發現復養情形發生，有效保障高
屏溪水源水質之潔淨。
環保署表示，為落實水源保護區養豬拆除戶查核工作，環保單位已採行電腦建檔列管，透過GPS定位、現場拍照存證、查核結果登錄等方式執行，完整建立查核資料，以防遺漏，經由該署及高雄、屏東二縣環保局全面而持續的查核，至94年4月底止計查核20,722次，有效防止已拆除養豬戶復養並減少水源污染。目前養豬拆除戶之土地利用情形，全拆戶部分主要為種植作物（種稻、苗圃、果園）、空地等，半拆戶部分主要為倉庫用途等使用。
環保署表示，拆除範圍為高屏溪大樹攔河堰以上地區之養豬戶為拆除補償對象，其中大多數養豬戶集中在高雄縣美濃鎮及屏東縣高樹鄉，檢視改善成效以高屏溪大樹攔河堰測站水質氨氮項目來看，已由89年的0.6毫克/公升降至今（94）年的0.2毫克/公升左右並穩定維持，符合飲用水水源水質標準，保障大高雄地區民眾飲用水水源品質。
環保署呼籲，高屏溪大樹攔河堰以上地區已列為稽查重點，已拆除養豬戶如有重新畜養等不法行為，一經查獲將嚴格處分，以維護高屏溪水源水質之潔淨。