有關環保署兩位環評委員發表聲明書質疑環評委員會中官方代表為既定開發案護航乙事，環保署表示，該署環境影響評估委員會係依據法令規定組成，官方代表委員就其主管法令及權責提供專業業審意見，並依法參與表決，並無不妥。且環評審查係公開透明，其公正、客觀、專業、獨立之審查機制應無庸置疑。
環保署表示，經查中央及地方各種委員會之組織規程，官方代表係屬必然性之設置，其主要目的係為加強相關部門之溝通協調，共同促使委員會正常運作、為民服務，並確認其運作符合法令之規範。以該署環境影響評估審查委員會為例，其設置目的係為審查環境影響評估有關事項。而依環境影響評估法第四條規定，環境影響評估應評估事項包括生活環境、自然環境、社會環境及經濟、文化、生態等可能影響之程度及範圍，即其應評估事項含括政府多個部門之主管事項（如國家總體發展、公共工程、水資源政策、水土保持、生態保育…），故該署環境影響評估委員會依法設置官方代表，而該代表就其主管法令及權責提供專業審查意見，並依法參與表決，並無不妥。
環保署表示，中央及地方各種委員會之組織規程中，非官方代表所佔比例多未超過二分之一。而該署環境影響評估委員會之非官方代表（專家學者代表）所佔比例則高達三分之二，官方代表所佔比例僅達三分之一，絕無官方代表左右委員會決議之情形。
環保署表示，環評法施行迄今已有11年，各項環評審查作業均依法令規定辦理，且公開透明。不論官方代表或專家學者代表之公正、客觀、專業與獨立性皆應受到尊重。對於兩位環評委員發表之聲明，係屬委員個人行為，環保署將與環評委員加強溝通。