環保署公布105年全國50條河川水質監測結果，其中列為重要指標的「嚴重污染長度比率」，大幅降低至2.5%； 11條重點整治河川也降至7.4%，均為90年(13.2%)以後水質最佳，河川長期整治成果邁入另一重要里程碑，期望早日達成全國河川脫離嚴重污染程度目標。
環保署表示，臺灣河川三大污染源有生活污水、工業廢水及畜牧廢水，該署每年滾動檢討並分析近年全國河川水質，針對屬嚴重污染河段者，列為關鍵水質改善測站，以全數測站水質均能改善至中度污染以下為最終目標。
地方政府即依據個別測站分析各污染源污染比例及關鍵污染物，擬定對應改善作為並推估相對應的污染削減量，設定短中長期水質改善目標，環保署則將污染削減量及實際執行情形納入地方政府績效考核。
針對三大污染源，環保署已規劃執行各項重大污染削減策略並持續精進。104年2月4日修正公布水污染防治法，將罰鍰上限大幅提升至2000萬元外，針對違規惡性重大之事業，並一併追繳不法利得，鼓勵全民檢舉不法，經查獲屬實，將可獲得一定比例的檢舉獎勵金。未來亦將推動修法加重違反水污法刑責，嚇阻不肖業者屢次違法再犯。
水污法修正增列未取得排放許可證(文件)而排放廢(污)水、貯留或稀釋廢(污)水者，處分罰鍰外，主管機關應令事業全部停工或停業。經統計自104年2月4至105年12月31日止，事業因違反水污染防治法命停工、停業者計137家，其中無廢(污)水排放許可證逕行排放或貯留而令停工、停業事業達76家次。
環保署為啟動及落實河川污染總量管制，105年優先選定桃園、臺中及彰化等農地污染現況較嚴重三市縣，依據水污染防治法第9條規定推動「應特予保護農地水體之重金屬排放總量管制計畫」，三市縣地方政府完成劃定及公告總量管制區(包括桃園新街溪、埔心溪;台中市詹厝園圳及彰化東西二圳)，並落實執行總量管制計畫。
另外，該署亦協助審查及核定各縣市推動加嚴部分河川水體沿岸污染源放流水標準，包括桃園市政府公告加嚴大坑崁溪(老街溪支流)沿岸污染源氨氮放流水標準及宜蘭縣政府公告加嚴排放至水利會灌溉渠道廢(污)水均需符合灌溉用水水質標準等。
為了加速嚴重污染河川或重金屬超標河段之污染改善，未來環保署將持續督促、輔導地方政府推動嚴重污染河段總量管制或加嚴放流水標準，早日落實河川事業廢水污染改善及削減工作。
持續推動畜牧糞尿沼渣沼液供農地肥分使用政策。基於畜牧糞尿具有高有機質，厭氧發酵後之沼渣沼液糞尿作為農地肥分使用，可使畜牧業減少廢水處理設施操作維護費、農民可以減少使用化學肥料而創造有機農業、減少排入河川的污染，共創多贏。
環保署統計至105年12月底推動成果，總計全國已有22家畜牧業者提報之「農地肥分使用申請書」經審查同意，總計施灌農地面積達146公頃，期望106年可以至少達到100場以上目標，逐步降低畜牧廢水排放至河川水體之污染量。
環保署因應106年開徵畜牧業水污費，亦特別積極向畜牧業者宣導，只要符合依水污法同意施灌之沼液沼渣量;依廢清法核准之農業廢棄物再利用計畫進行再利用之畜禽糞尿;畜牧廢水經處理至符合放流水標準，經核准回收再利用，作為作業環境內外花木澆灌的畜牧廢水量等三種情形者，就無須繳交水污費。
對於短期下水道未能接管或未到達區域，環保署持續補助地方政府將沿岸生活污水截流至人工溼地或礫間處理等水質淨化場址，削減排入河川生活污水污染負荷。
環保署積極防治及管控水污染，逐年改善嚴重及中度污染河段，保護未受污染河段，與中央各部會及地方政府合作，集中資源，共同投入各項河川污染整治工作，建構永續、潔淨的水體環境。