霄裡溪沿岸井水於97年5月間檢驗結果並未超過現行飲用水的水質標準，但由於部分新竹縣新埔鎮霄裡溪沿岸居民，擔心井水受霄裡溪上游工廠放流水影響，而不敢飲用井水，環保署遂請新竹縣環境保護局自10月23日起，提供霄裡溪沿岸飲用井水住戶儲水桶，並以運水車逐戶送水，以供應自來水，直至井水受溪水影響疑慮解除為止，環保署並積極進行井水取樣檢驗，經初步判斷並不致影響飲用安全。
環保署表示該署環境檢驗所、毒管處及督察總隊於10月間針對霄裡溪流域居民飲用水井抽樣165口水井，檢測15項飲用水管制之重金屬項目，另檢測鎵、鉬、銦、鉈4項非飲用水管制項目，檢測結果顯示，管制項目中除鐵、錳外均合乎標準，而鐵、錳為地下水常見現象，並不影響健康。此外部分水井中測出含有極微量之鉬及銦（含量約十億分之一至五之間），經初步判斷並不致影響飲用安全。為慎重起見環保署將持續監測並再邀請專家評估。
環保署表示友達及華映兩廠位於桃園縣龍潭鄉，二案開發區位並未位於飲用水取水口一定範圍內，且亦非位於水源水質水量保護區，均非屬禁止開發或排放之環境敏感區位；其承受水體均為霄裡溪，霄裡溪為中央管河川，非屬灌溉渠道，又本案有條件通過環境影響評估的審查結論中，已要求開發單位「若承受水體規劃作為飲用水水源時，本計畫之放流口應設置於該飲用水水源之下游」及「放流水總氮應小於10毫克/公升」等。對於監察院的調查意見，環保署將邀請水質保護及水污染防制的專家學者提供意見，並據以檢討、改進。
對於各界關心的放流口設置地點部份，環保署已於97年10月16日函請開發單位依該署環境影響評估審查委員會審查結論，未來不得將放流水排入霄裡溪，並依委員會未來通過之改排地點，向地方主管機關申請變更廢﹙污﹚水放流口。至於開發單位所提老街溪二板橋附近或鳳山溪新埔大橋附近的改排方案，環保署預計於98年1月再召開專案小組及專家會議，就承受水體之水質、水文及水體利用等影響進行討論，如獲致結論，將儘速提環評委員會審核。