為加強掌握我國特定地面水體之底泥品質及污染潛勢資訊，環保署訂定「目的事業主管機關檢測底泥品質備查作業辦法」，未來各地面水體之目的事業主管機關除了應辦理底泥品質檢測工作之外，檢測結果應送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況。
依據「土壤及地下水污染整治法」第6條第5項規定，河川、灌溉渠道、湖泊、水庫及其他經中央主管機關公告之特定地面水體之各目的事業主管機關，應定期檢測底泥品質狀況，與底泥品質指標比對評估後，送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況。環保署為落實上述規定，依據「土壤及地下水污染整治法」第6條第7項之授權訂定該作業辦法，俾使各目的事業主管機關有所依循。作業辦法明訂至少每5年應定期檢測所轄水體之底泥品質一次，並於每年3月31日前完成前一年度之檢測資料申報。
環保署表示，為加強目的事業主管機關對於水體管理之責任，特別於本作業辦法中規範底泥品質系統性調查及資料庫定期申報之作業方式，以利後續之資訊公開，並使各級主管機關可充分掌握我國特定地面水體之底泥品質及污染潛勢資訊，強化水域環境維護工作。