環境部環境管理署運用河川水質測站追蹤河川水質變化，監控二仁溪流域上游的養豬畜牧場，發現高雄市內門區立○畜牧場疑似違規排放高濃度廢水，於今(17)日會同高雄市政府環境保護局成功查獲該養豬場埋設暗管排放超標未經妥善處理畜牧廢水，河道上淤積未經處理的豬糞尿，未妥善處理的廢水嚴重影響二仁溪流域水質，並發出陣陣惡臭異味，後續將依水污染防治法告發裁處，並限期改善。違反水污染防治法第7條第1項及第18條之1第1項規定，依法可處6萬元以上、2,000萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
環境管理署南區環境管理中心表示，於112年10月稽查時已提醒立○畜牧場應正常收集廢（污）水納管送至二仁溪畜牧廢水資源化中心進行後續廢水處理。但經由河川測站分析水質數據發現，高雄市內門區二層橋測站常有水質異常，經往上游溯源追查，發現觀音橋下河道水色異常且散發明顯豬糞尿異味，鎖定立○畜牧場疑似未全量納管處理廢水並偷排至二仁溪。
督察人員穿越二仁溪沿岸錯綜複雜的竹林後涉水橫渡二仁溪，在立○畜牧場圍牆下方邊坡發現有一個暗管開口處，正在排放未妥善處理的養豬廢水，督察人員除立即採集暗管排放的廢水，搭配空拍機進行立體蒐證，畜牧場工作人員發現督察人員要進場督察立即調整廢水流向，使流向場外廢水水量變小，但經督察人員於場內繞流排放處投放追蹤劑後，發現追蹤劑確實經由埋藏地下的暗管排放到場外，證實立○畜牧場以暗管將養豬廢水排入二仁溪。
環境管理署呼籲養豬業者，切勿為節省處理費用偷排廢水，造成二仁溪上游流域水質惡化。113年度環境管理署將攜手高雄市政府環境保護局加強查核內門地區養豬場畜牧廢水，落實區域管理並持續督導業者確實依照許可文件操作，將違規的事業一一揪出，確保事業依規定正常處理廢水，使放流水符合法規標準，並透過河川流域水質監測點，智慧監控河段水質變化，當水質出現異常時可及早因應，以維護河川水質，提供民眾優質樂活的生活環境。