飲用水水質的稽查檢驗主要是由地方環保局執行，而環保署本（101）年度另針對飲用水中較難檢驗的項目，協助地方環保局進行檢測，加強把關飲用水水質，截至7月底止，已針對318處自來水直接供水系統及38處簡易自來水供水系統，完成法規管制水質項目7,723項次的檢測，總合格率達99.97%；環保署表示，目前除了加強已列管物質之檢測之外，也將研訂飲用水列管項目篩選作業原則，將篩選作業法制化，強化飲用水的管理。
環保署指出，臺灣地區自來水淨水場計357處，本年度該署規劃協助地方政府進行364場次淨水場之水質抽驗，目前已完成第一階段318場次的檢測，共計檢驗7,267項次水質項目，合格率達99.97%，後續將依照第一階段的檢測結果，規劃第二階段的檢測及複查；除了針對主要公共給水的自來水直接供水系統進行抽驗外，也針對38處簡易自來水供水系統檢驗456項次水質項目，合格率100%。該署說明本年度協助的較難檢驗項目，包括法規管制的重金屬、影響健康物質、消毒副產物、揮發性有機物、農藥及持久性有機污染物等6大類計38項。
環保署並表示，自來水淨水場檢測結果不合格部分，為5月14日檢測南投縣信義淨水場清水中的總三鹵甲烷超標（檢測值為0.0868 毫克/公升，法規標準值為0.08 毫克/公升），以及7月26日檢測臺中市谷關淨水場的溴酸鹽超標（檢測值為0.020 毫克/公升，法規標準值為0.01 毫克/公升），該署已將檢測結果發文函送相關環保局，請地方環保局依據法規規定裁罰處分並督導淨水場完成改善作業。環保署及南投縣政府環保局並已於7月再次採樣追蹤南投縣信義淨水場清水中的總三鹵甲烷，檢測結果為0.00797 毫克/公升，符合標準；另臺中市政府環保局亦將於日內安排前往谷關淨水場採測溴酸鹽，並追蹤後續水質狀況，以確保淨水場完成改善。
環保署表示，總三鹵甲烷及溴酸鹽均屬消毒副產物，為消毒過程中伴隨產生的物質，其中總三鹵甲烷可能影響人體神經系統、肝臟及腎臟的功能，在飲用水中生成原因主要為加氯消毒過程中，氯與水中有機物反應所形成，可透過去除水中有機質、加氯量的控制及使用替代消毒劑，來降低總三鹵甲烷。而溴酸鹽可能影響人體腎臟的功能及可能致癌，在飲用水中生成原因包括水中溴離子濃度偏高（大多是海水滲透到取用的水源中），或受到淨水處理程序中加氯消毒或臭氧消毒後所產生；要去除飲用水中溴酸鹽，可以透過除去水中有機物質及減少海水比例，以及妥善操作控制消毒作業程序來達成。
環保署表示，除了持續加強飲用水水質標準中已管制物質的檢測，刻已參考國際飲用水管理的作法與精神，研擬飲用水列管項目篩選作業原則（目前為草案階段），以建立系統化及標準化的飲用水列管物質篩選檢測，後續草案一旦通過後，將針對飲用水中需進一步評估與觀察的物質，透過自來水事業進行自來水淨水場檢測，再由環保署整合相關資訊與檢測結果，作為是否新增飲用水管制項目之決策依據，以確保民眾飲用水安全。
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