因應莫拉克颱風來襲，中南部災情頻傳，環保署特別呼籲，災區積水退去後，請民眾先不急著將大型垃圾清出，洽當地環保局確定收集的時間後將大型垃圾送到戶外由清潔隊統一收集清運，以保持環境整潔。
莫拉克颱風造成局部地區淹水情況嚴重，環保署已聯繫各縣市環保局及鄉鎮市公所依災情待命及完成廢棄物清理相關準備工作，待淹水情形和緩後，立即依據災後垃圾快速清理原則進行各項廢棄物清理工作，以加速環境之復原。各縣市環保局及鄉鎮市公所如有需要中央支援情形，可循一般廢棄物災害應變緊急通報及作業流程向環保署請求協調支援之人力及物力。
各地災區將於雨停後，由地方環保單位以大貨車、卡車及資源回收車進行浸水大型家具、家電等家庭廢棄物清運，將裝載之廢棄物依一般清運路線載運至資源回收場或選定之臨時轉運站，轉運站將派員管理，並適時增加集運頻率及加強環境消毒，環保署再次呼籲請民眾配合當地清潔隊集運時間清出，以加速產出的廢棄物清運作業，避免影響環境衛生。另屏東縣災區垃圾轉運處理，環保署已協調高雄市南區焚化廠及中區焚化廠，支援屏東縣災區垃圾進廠焚化處理；若該縣外租民間清運業者清運災區垃圾者，則由環保局或鄉鎮市公所出具標識進廠。
環保署表示，颱風過後，為做好居家環境及器具消毒工作，可選購市售漂白水，成分為次氯酸鈉濃度約為3%至6%左右，稀釋100倍，進行室內環境及一般器物擦拭消毒工作。戶外公共環境方面，可請轄區清潔隊協助，以濃度為500ppm至1000ppm消毒藥水進行消毒；沒有完全清除的積水區域或容器，容易成為登革熱病媒蚊孳生溫床，民眾應盡速檢查包括花瓶、水缸、水塔、冰箱除霜底盤和盆栽植物墊盤等，將積水清除。
環保署表示，由於南部山區豪雨不斷，自來水水源水質濁度飆升，造成坪頂、牡丹、楠玉、鏡面及南化等五座淨水場全面停止供水，台灣自來水公司已出動加水車緊急供水。針對未停水區域，因豪雨易造成水質濁度提高，自來水公司處理時需使用較多藥劑量，加氯量也可能相對增加，雖然消毒水味道較濃，但對人體並無任何影響，民眾可以安心飲用。民眾如預儲乾淨飲用水於災後使用，飲用前也應確實煮沸後再喝；若是自行引用山泉水、井水等簡易自來水用戶，也要先行消毒或煮沸後再飲用，以確保衛生安全。環保署亦指出，如擔心消毒水味道或水質濁度問題，可將自來水放置約半天時間，再煮沸後掀蓋多煮3至5分鐘，就可減抵消毒水味，而混濁的水則建議做戶外環境清潔或澆灌花木使用。
環保署表示為協助南部地區救災，該署沈世宏署長已於今(9)日中午抵屏東災區瞭解災情，並指派該署張子敬副署長赴內政部於屏東警察局所成立的前進指揮所，協同各部會投入救災工作。