環保署依台東縣環保局7月4日現勘蘭嶼鄉海域油污情形後，立即派遣水保處海洋主管科長許仁澤連夜南下，趕赴蘭嶼事故現場；除緊急聯絡空中勤務總隊協助，於本日（7月5日）下午1:30分支援協助搜尋與確認油污範圍外，並緊急動員重大海洋油污染緊急應變計畫海域清除廠商（海歷公司）儘速進行海域油污清理作業。
依本日空中勤務總隊飛航攝影的結果，目前油污發現位置在紅頭（121.3243 E，22.0137 N）至椰油（121.3013 E，22.0310 N），在確認海面上沒有發現新的油污及油污範圍後，已根據潮流方向先佈設攔油索，以限制油污擴散，對於陷入潮溝的油污則以對環境傷害最小的方式進行油污回收的工作。從昨天到今天已由20員海巡署弟兄輪流清理油污，估計已清了約一噸的油污。由於油污多卡在礁盤上清除不易，目前正協商於當地僱用當地原住民50名人力，展開清除油污作業預計兩週以上才能完成。
本事件在「行政院重大海洋油污染緊急應變計畫」處理措施分工上屬第一級應變層次，由台東縣政府負責，但是環保署在獲知現勘消息後，已於辦公室成立監控中心，由同仁與台東縣環保局保持聯繫，提供必要之支援，今日（7月5日）更派員赴蘭嶼現場，對於台東縣環保局海巡署弟兄能在第一時間有效應變，表示肯定與慰問之意。
環保署指出，當務之急是油污清除工作，以還蘭嶼島一個乾淨清新的海域，但是對於污染源的追緝工作也絕不放過，從昨日即積極透過中央大學航遙測中心分析蒐集最近幾天的衛星照片，再加上現場油污的情況研判，這些飄上岸的油污應該是船舶偷排廢油所致。
環保署表示，自海洋污染防治法通過之後，因為海上船舶偷排廢油啟動的海洋油污染緊急應變機制事件，本案是第一件。由於台灣周邊的海上國際運輸船舶頻繁，追查雖然不易，但仍將積極透過各種可循的線索追緝本案兇嫌以示警惕，並防範未來類似案件再度發生，以維護海洋的健全。