「公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準」於民國91年1月2日發布施行，至今已4年多。於實際執行中廢棄物清除處理機構對於申請案件審查費的收費方式、收費時機、收費價格的合理性曾有不同意見。因此，環保署於去年即針對此一問題加以檢討，並參酌財政部發布施行的規費法修正該收費標準。修正草案於去年（94年）10月17日環保署修正預告後，期間各縣、市廢棄物清除處理商業同業公會對於審查費之收費標準仍有意見，因此，環保署於今年（95年）4月21日召開第二次公聽會時，即依據不同類型廢棄物清除處理機構申請許可案件實際審查及行政作業之成本分析資料，分別訂定不同之收費標準。本次修正後之審查費用已大幅調降，第二次公聽會中經與公會溝通後，已獲致初步共識，將依法制程序加緊作業，預計可於6月中旬發布實施。
環保署表示，本次修正重點包括多項許可案件審查費之調降，如甲級清除許可證之展延及變更案件（未涉及貯存場或轉運站者）之審查費將由25,000元調降為5,000元，降幅達80﹪；乙級清除許可證則由15,000元調降為5,000元，降幅亦達66﹪；甲級處（清）理許可證之展延或變更案件（未涉及貯存場或轉運站者）之審查費將由55,000元調降為32,000元，降幅達41.8﹪；乙級處（清）理許可證則由40,000元調降為15,000元，降幅達62.5﹪。此外，清理機構如其許可證的變更僅涉及清除業務，而未涉及處理業務時，其審查費可比照清除機構的收費標準辦理；更便民的是，未來清除車輛減少、汰舊換新、重新領牌等變更案件，將免收審查費。
環保署表示，修正草案中大幅降低審查費的調降措施，在目前各項民生物資一片調漲聲中特別彌足珍貴，對於清除處理機構來說是利多的好消息。有關該收費標準修正草案詳載於環保署公聽會網頁（網址：http://atftp.epa.gov.tw/pub/index.htm），歡迎各界踴躍提供修正意見及建議。