因應0601豪雨，中央成立災害應變中心，環保署同步成立應變工作小組，主動關心瞭解各縣市淹水情形及迅速回應及協助縣市提出豪雨後之環境清理資源，6月2日基隆市請求支援調度消毒藥劑800公升，已於今(3)日送達；另環保署亦主動協助各縣市災後復原工作，地方政府視災情區域及嚴重程度，如轄內清理機具不足時，可立即與中央災害應變中心支援調度需求，環保署亦將整備相關災後環境復原所需資源（如：清運機具開口合約等）提供必要支援，務必使民眾生活儘快回復正常。
除6月2日以基隆市、臺北市及新北市等北部縣市因豪大雨造成部分地區淹水或積水，今(3)日起中南部縣市應加強戒備，本次豪大雨造成部分地區原水濁度偏高，一度停止供水，現已陸續恢復供水，目前災後已抽驗飲用水54件均合格。對於民眾所關心的災後飲水問題，提醒民眾注意颱風後飲用水務必煮沸，如擔心水有味道，在煮沸後，可將蓋子打開3分鐘以上，讓消毒藥劑揮發變少後再喝。使用井水或山泉水等簡易自來水用戶，更應注意確實煮沸後才可飲用，以確保安全。建議住戶管理單位於颱風後清除水井或水池的污泥並洗刷乾淨，必要時可進行消毒，讓住戶喝得更安心。
環保署提醒民眾在豪雨後進行環境清理時要注意：(一)將易腐敗、發臭的垃圾與大型廢棄物分開清理；(二)居家環境消毒，民眾可購買坊間市售家用漂白水，依標示適當稀釋（例：1份漂白水加99份水稀釋）進行消毒；(三)加強清除戶外積水容器，以避免孳生蚊子。
為了防止災後居家或戶外積水容器孳生登革熱病媒蚊，環保署提醒民眾，記得儘速清除戶內外登革熱病媒蚊孳生源，尤其是住家屋頂、菜園、花圃等社區環境，例如：花瓶、水缸、水塔、冰箱除霜底盤及盆栽植物墊盤等積水容器，並將積水清除及清除廢棄盆栽，留下的器物地要「刷洗」去除斑蚊蟲卵，妥善收拾或予以倒置，以「巡、倒、清、刷」，「清除再清除、檢查再檢查」的原則進行環境清理。另空地、空屋與工地的管理單位也應加強巡檢清理，以防止登革熱病媒蚊的生長助長疫情。