針對99年2月21日中油公司說明，依不同空氣污染防制費費率計算之油價調整金額，環保署再度赴中油公司進行了解其浮動油價計價公式。環保署發現，經濟部浮動油價公式係95年9月民進黨執政蘇貞昌任行政院長及陳瑞隆任經濟部長時首度制定，當時即未使用該署油品分級費率與發油量加權平均的空污費費率，而使用油品中最高空污費費率計算零售油價的公式；使用最高空污費費率計算，與使用平均空污費率計算公式比較，有在國際原油價格上漲時，所得零售價較低，而在國際原油價格下跌時，所得零售價較高的情形(詳附頁分析表)；由於近年油價漲多跌少，精算下，低售數與高售數相抵銷後，可能還是零售價偏低的情形，消費者因此占了便宜，但因未使用實際繳給環保署空污費額計算得到的平均空污費費率來計算零售價格，是造成社會大眾近日疑慮與紛擾的主因。
環保署表示，該署99年2月10日第一次赴中油公司查核，自95年9月浮動油價公式實施後，中油公司按月向環保署申報及應繳交之移動污染源空氣污染防制費並無錯誤，共約46億餘元。針對99年2月21日經濟部及中油公司記者會提出依不同空氣污染防制費費率計算之油價調整方式，環保署於99年2月23日第二度派員赴中油公司進行了解。此次了解重點有兩項，第一為了解自95年9月浮動油價公式實施以來，中油公司歷次按照以空污費第三級費率計算及以實際繳交空污費計算之零售價格，是否造成低收或超收空污費；其次，中油公司後續依浮動油價計算所納入的空污費費率是否已更正為合理狀況。
環保署進行了解時，會同中油公司將其不同計算過程所得零售油價之價差，以代數公式表示(詳如附頁分析表)。由附頁代數公式導衍結果。可發現最高空污費率公式與平均空污費率公式所計算出的零售油價差異為：
最高空污費率公式高售率＝(最高空污費率－加權平均空污費率)×(－浮動費率)×(1＋營業稅率)
由結果公式分析可知，當國際原油價格上漲時，浮動費率為正值，此時高售率為負值，即事實上為低售，消費者反而占了便宜；當國際原油價格下跌時，浮動費率為負值，此時高售率為正值，事實上即為高售，中油占了消費者的便宜。使用最高空污費率公式計算調整油價期間，低售數與高售數相抵銷後，合計到底是高售或低售，需中油公司將浮動油價實施以來歷次調整油價之漲跌幅度、油品銷售數量等資料，代入公式計算。中油公司依據詳細計算在95年9月至98年12月底止零售油價的價差比較的結果表示，其高售與低售抵銷後平均零售油價仍屬價格低售，即這段期間中油公司未占消費者便宜。
環保署表示，本次事件之關鍵在於95年9月起，中油公司採用浮動油價公式計算油品銷售價格，其計算基準中包含「空氣污染防制費」項目，而且是採第三級油品最高費率，讓民眾直覺認為95年10月到98年底為止，交給中油公司的「空氣污染防制費」與中油公司實際依油品分級及發油量計算繳交環保署的空污費有差額，致產生占了消費者便宜的疑慮。事件發生後，中油公司因為浮動油價公式瑕疵，即假設其差額可能是高售，故先以調降油品售價之方式回饋消費者，再繼續精算實際差額是低售或高售後再向民眾說明。此外，中油公司已依據98年度所生產各級油品比例，計算所得空氣污染防制費項目之金額，納入浮動油價公式中計算零售價格。所得加權平均之空污費費率汽油為0.0923元/公升、柴油為0.1291元/公升，並已於農曆春節前油價調整時實施。該公司亦已承諾未來將每年檢討所用加權平均之空污費費率，以避免類似情事發生。