南部曾發生某家再利用機構，違法收受廢棄物進行堆肥，造成臭味產生，污染環境，及有些再利用機構違法收受囤積廢棄物後，任意燃燒污染空氣，甚或於關廠後一走了之遺留大批廢棄物。為使再利用機構有效管理，已於今年4月1日公告限制696家再利用機構需於6月30日前完成再利用者身分檢核，以核對其合於再利用規定，方得收受廢棄物進行再利用，否則即不得收受廢棄物進行再利用。
環保署表示，雖近年來環保意識抬頭，已使國內產出之廢棄物漸朝再利用方式處理，並達到70%的高再利用率，惟仍有不肖分子假藉再利用的名義違法收受廢棄物，未進行再利用，甚至任意棄置污染環境，因此為促使再利用機構能確實依各中央目的事業主管機關所訂定的再利用管理辦法規定，於收受廢棄物後妥善再利用廢棄物，並於91年7月11日公告規範再利用機構應配合指定公告事業上網申報廢棄物清理流向，及於92年7月17日將再利用機構公告為應上網申報廢棄物清理流向的事業，以促使該等機構妥善再利用廢棄物。
環保署強調，目前行政院衛生署、行政院農業委員會、行政院國家科學委員會、經濟部、內政部、交通部、教育部及財政部等8部會已公告可再利用之廢棄物項目共計92項，另個案或通案通過許可再利用的件數亦達400件，已可充分提供事業循再利用途徑處理事業廢棄物，惟因仍有不肖之再利用機構於收受廢棄物後，未確實進行再利用，污染環境，因此乃於今年4月1日公告限制696家再利用機構需於6月30日前完成再利用者身分檢核，方得收受廢棄物進行再利用，否則將限制其不得收受廢棄物進行再利用。
環保署同時表示，目前仍有175家再利用機構尚未依規定辦理再利用檢核，若屆期仍未完成再利用檢核，將限制其不得收受廢棄物進行再利用。因此該署呼籲業者儘速依其訂定之「再利用機構登記檢核作業及系統操作說明」規定，辦理再利用檢核，至該署事業廢棄物申報系統(http://waste.epa.gov.tw/)「再利用者登記」介面，填報「再利用者登記檢核表」，填報完成後列印乙式二份用印，並檢附相關身分證明文件，向縣市或中央主管機關提報，以免屆時不得收受廢棄物進行再利用。